<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 10, 2017 at 5:09 AM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
> On Oct 9, 2017, at 6:56 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> On Mon, Oct 9, 2017 at 12:40 PM, Justin Chang <<a href="mailto:jychang48@gmail.com">jychang48@gmail.com</a>> wrote:<br>
> You need this additional command line argument: -petscspace_order 1<br>
><br>
> Justin is correct. By default, it is P0, which would be a purely discontinuous solution to Laplace, without<br>
> jump terms.<br>
<br>
   Pretty bad default. Maybe better to have P1 be the default.<br></blockquote><div> </div><div>I will look into it. I recall something being hard about setting everything up. It would be nice to have</div><div>a better system for default values for options database keys.</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">><br>
>   Thanks,<br>
><br>
>     Matt<br>
><br>
> On Mon, Oct 9, 2017 at 9:02 AM, David Fuentes <<a href="mailto:fuentesdt@gmail.com">fuentesdt@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> I'm trying to use petsc 3.8.0 with ex12.c example to setup a poisson solver: <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex12.c.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/<wbr>petsc-current/src/snes/<wbr>examples/tutorials/ex12.c.html</a><br>
><br>
> I seem to be getting zeros in my jacobian with this example?<br>
> I attached a debugger and the assembly routines seems ok... but am getting zero jacobian somewhere along the way to the MatAssembly...<br>
> Am I missing something with the command line arguments ?<br>
><br>
><br>
><br>
> $ ./ex12 -snes_type ksponly  -snes_monitor -snes_converged_reason -ksp_converged_reason -ksp_monitor -ksp_rtol 1.e-6 -pc_type jacobi -info -info_exclude null,pc,vec<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
> [[55310,1],0]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module<br>
> was unable to find any relevant network interfaces:<br>
><br>
> Module: OpenFabrics (openib)<br>
>   Host: SCRGP2<br>
><br>
> Another transport will be used instead, although this may result in<br>
> lower performance.<br>
> ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 8 X 8; storage space: 0 unneeded,8 used<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues() is 0<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 1<br>
> [0] MatCheckCompressedRow(): Found the ratio (num_zerorows 0)/(num_localrows 8) < 0.6. Do not use CompressedRow routines.<br>
> [0] MatSeqAIJCheckInode(): Found 8 nodes out of 8 rows. Not using Inode routines<br>
> [0] DMGetDMSNES(): Creating new DMSNES<br>
> [0] DMGetDMKSP(): Creating new DMKSP<br>
>   0 SNES Function norm 1.414213562373e+00<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 8 X 8; storage space: 0 unneeded,8 used<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues() is 0<br>
> [0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 1<br>
> [0] MatCheckCompressedRow(): Found the ratio (num_zerorows 0)/(num_localrows 8) < 0.6. Do not use CompressedRow routines.<br>
> [0] SNESComputeJacobian(): Rebuilding preconditioner<br>
>     0 KSP Residual norm 1.414213562373e+00<br>
>     1 KSP Residual norm 1.414213562373e+00<br>
> [0] KSPGMRESBuildSoln(): Likely your matrix or preconditioner is singular. HH(it,it) is identically zero; it = 0 GRS(it) = 1.41421<br>
>   Linear solve did not converge due to DIVERGED_BREAKDOWN iterations 1<br>
> [0] SNESSolve_KSPONLY(): iter=0, number linear solve failures 1 greater than current SNES allowed, stopping solve<br>
> Nonlinear solve did not converge due to DIVERGED_LINEAR_SOLVE iterations 0<br>
> Number of SNES iterations = 0<br>
> L_2 Error: 0.751285<br>
><br>
><br>
> configured with: ./config/configure.py --with-shared-libraries --with-clanguage=c++ --CFLAGS='-g -O0' --CXXFLAGS='-g -O0' --download-ctetgen  --download-triangle --with-debugging=yes --with-exodusii-lib=[/usr/lib/<wbr>x86_64-linux-gnu/libexoIIv2.<wbr>so] --with-netcdf-lib=[/usr/lib/<wbr>libnetcdf.so] --with-netcdf-include=/usr/<wbr>include --with-hdf5-include=/usr/<wbr>include/hdf5/serial/ --with-hdf5-lib=[/usr/lib/x86_<wbr>64-linux-gnu/hdf5/serial/<wbr>libhdf5.so] --with-c2html=0 --with-exodusii-include=/usr/<wbr>include<br>
><br>
><br>
> thanks!<br>
> David<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
><br>
> <a href="https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>