<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 9, 2017 at 12:56 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Mon, Oct 9, 2017 at 12:40 PM, Justin Chang <span dir="ltr"><<a href="mailto:jychang48@gmail.com" target="_blank">jychang48@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">You need this additional command line argument: -petscspace_order 1<br></div></blockquote><div><br></div></span><div>Justin is correct. By default, it is P0, which would be a purely discontinuous solution to Laplace, without</div><div>jump terms.</div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>I would also note that all the tests are at the bottom of the file.</div><div><br></div><div>  Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div><div class="h5"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"></div><div class="m_2586400262500778721HOEnZb"><div class="m_2586400262500778721h5"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Oct 9, 2017 at 9:02 AM, David Fuentes <span dir="ltr"><<a href="mailto:fuentesdt@gmail.com" target="_blank">fuentesdt@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><br></div>Hi,<br><br></div>I'm trying to use petsc 3.8.0 with ex12.c example to setup a poisson solver: <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/src/snes/examples/tutorials/ex12.c.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/p<wbr>etsc-current/src/snes/examples<wbr>/tutorials/ex12.c.html</a><br><div><div><br></div><div>I seem to be getting zeros in my jacobian with this example? <br>I attached a debugger and the assembly routines seems ok... but am getting zero jacobian somewhere along the way to the MatAssembly...<br>Am I missing something with the command line arguments ?<br><br><br></div><div><br>$ ./ex12 -snes_type ksponly  -snes_monitor -snes_converged_reason -ksp_converged_reason -ksp_monitor -ksp_rtol 1.e-6 -pc_type jacobi -info -info_exclude null,pc,vec<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>[[55310,1],0]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module<br>was unable to find any relevant network interfaces:<br><br>Module: OpenFabrics (openib)<br>  Host: SCRGP2<br><br>Another transport will be used instead, although this may result in<br>lower performance.<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 8 X 8; storage space: 0 unneeded,8 used<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues() is 0<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 1<br>[0] MatCheckCompressedRow(): Found the ratio (num_zerorows 0)/(num_localrows 8) < 0.6. Do not use CompressedRow routines.<br>[0] MatSeqAIJCheckInode(): Found 8 nodes out of 8 rows. Not using Inode routines<br>[0] DMGetDMSNES(): Creating new DMSNES<br>[0] DMGetDMKSP(): Creating new DMKSP<br>  0 SNES Function norm 1.414213562373e+00 <br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Matrix size: 8 X 8; storage space: 0 unneeded,8 used<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Number of mallocs during MatSetValues() is 0<br>[0] MatAssemblyEnd_SeqAIJ(): Maximum nonzeros in any row is 1<br>[0] MatCheckCompressedRow(): Found the ratio (num_zerorows 0)/(num_localrows 8) < 0.6. Do not use CompressedRow routines.<br>[0] SNESComputeJacobian(): Rebuilding preconditioner<br>    0 KSP Residual norm 1.414213562373e+00 <br>    1 KSP Residual norm 1.414213562373e+00 <br>[0] KSPGMRESBuildSoln(): Likely your matrix or preconditioner is singular. HH(it,it) is identically zero; it = 0 GRS(it) = 1.41421<br>  Linear solve did not converge due to DIVERGED_BREAKDOWN iterations 1<br>[0] SNESSolve_KSPONLY(): iter=0, number linear solve failures 1 greater than current SNES allowed, stopping solve<br>Nonlinear solve did not converge due to DIVERGED_LINEAR_SOLVE iterations 0<br>Number of SNES iterations = 0<br>L_2 Error: 0.751285<br><br><br></div><div>configured with: ./config/configure.py --with-shared-libraries --with-clanguage=c++ --CFLAGS='-g -O0' --CXXFLAGS='-g -O0' --download-ctetgen  --download-triangle --with-debugging=yes --with-exodusii-lib=[/usr/lib/<wbr>x86_64-linux-gnu/libexoIIv2.so<wbr>] --with-netcdf-lib=[/usr/lib/li<wbr>bnetcdf.so] --with-netcdf-include=/usr/inc<wbr>lude --with-hdf5-include=/usr/inclu<wbr>de/hdf5/serial/ --with-hdf5-lib=[/usr/lib/x86_<wbr>64-linux-gnu/hdf5/serial/libhd<wbr>f5.so] --with-c2html=0 --with-exodusii-include=/usr/i<wbr>nclude   <br></div><div><br><br></div><div>thanks!<span class="m_2586400262500778721m_5218830101490490908HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="m_2586400262500778721m_5218830101490490908HOEnZb"><font color="#888888"><div>David<br></div><div><br><br></div></font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="m_2586400262500778721gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~<wbr>knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div><div><br></div><div><a href="http://www.caam.rice.edu/~mk51/" target="_blank">https://www.cse.buffalo.edu/~knepley/</a><br></div></div></div></div></div>
</div></div>