<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">OK - I ran with <span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;background-color:rgb(254,244,156);font-family:Menlo;font-size:11px">-snes_monitor -snes_converged_reason -snes_linesearch_monitor -ksp_monitor -ksp_monitor_true_residual -ksp_converged_reason -pc_type svd -pc_svd_monitor -snes_type newtonls -snes_compare_explicit</span></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures;background-color:rgb(254,244,156);font-family:Menlo;font-size:11px"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">and here is the full error message, output immediately after </div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Finite difference Jacobian<br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">Mat Object: 24 MPI processes</div><div class="gmail_default" style="font-size:small">  type: mpiaij</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">







<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Invalid argument</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Matrix not generated from a DMDA</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017<span class="gmail-Apple-converted-space"> </span></span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: ./CalculateOpticalFlow on a arch-linux2-c-opt named node046.hpc.rockefeller.internal by zfrentz Sat Oct<span class="gmail-Apple-converted-space">  </span>7 13:44:44 2017</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/ru-auth/local/home/zfrentz/PETSc-3.7.6 --download-fblaslapack -with-debugging=0</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #1 MatView_MPI_DA() line 551 in /rugpfs/fs0/home/zfrentz/PETSc/build/petsc-3.7.6/src/dm/impls/da/fdda.c</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #2 MatView() line 901 in /rugpfs/fs0/home/zfrentz/PETSc/build/petsc-3.7.6/src/mat/interface/matrix.c</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #3 SNESComputeJacobian() line 2371 in /rugpfs/fs0/home/zfrentz/PETSc/build/petsc-3.7.6/src/snes/interface/snes.c</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #4 SNESSolve_NEWTONLS() line 228 in /rugpfs/fs0/home/zfrentz/PETSc/build/petsc-3.7.6/src/snes/impls/ls/ls.c</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #5 SNESSolve() line 4005 in /rugpfs/fs0/home/zfrentz/PETSc/build/petsc-3.7.6/src/snes/interface/snes.c</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: #6 solveWarp3D() line 659 in /ru-auth/local/home/zfrentz/Code/OpticalFlow/working/October6_2017/mshs.c</span></p></div>







</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 3, 2017 at 5:37 PM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Always always always send the whole error message.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
"zakaryah ." <<a href="mailto:zakaryah@gmail.com">zakaryah@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> I tried -snes_compare_explicit, and got the following error:<br>
><br>
> [0]PETSC ERROR: Invalid argument<br>
><br>
> [0]PETSC ERROR: Matrix not generated from a DMDA<br>
><br>
> What am I doing wrong?<br>
><br>
> On Tue, Oct 3, 2017 at 10:08 AM, Jed Brown <<a href="mailto:jed@jedbrown.org">jed@jedbrown.org</a>> wrote:<br>
><br>
>> Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> writes:<br>
>><br>
>> >> On Oct 3, 2017, at 5:54 AM, zakaryah . <<a href="mailto:zakaryah@gmail.com">zakaryah@gmail.com</a>> wrote:<br>
>> >><br>
>> >> I'm still working on this.  I've made some progress, and it looks like<br>
>> the issue is with the KSP, at least for now.  The Jacobian may be<br>
>> ill-conditioned.  Is it possible to use -snes_test_display during an<br>
>> intermediate step of the analysis?  I would like to inspect the Jacobian<br>
>> after several solves have already completed,<br>
>> ><br>
>> >    No, our currently code for testing Jacobians is poor quality and<br>
>> poorly organized. Needs a major refactoring to do things properly. Sorry<br>
>><br>
>> You can use -snes_compare_explicit or -snes_compare_coloring to output<br>
>> differences on each Newton step.<br>
>><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>