<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">I tried -snes_compare_explicit, and got the following error:</div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small">







<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Invalid argument</span></p>
<p class="gmail-p1"><span class="gmail-s1">[0]PETSC ERROR: Matrix not generated from a DMDA</span></p><p class="gmail-p1">What am I doing wrong?</p></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 3, 2017 at 10:08 AM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> writes:<br>
<br>
>> On Oct 3, 2017, at 5:54 AM, zakaryah . <<a href="mailto:zakaryah@gmail.com">zakaryah@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> I'm still working on this.  I've made some progress, and it looks like the issue is with the KSP, at least for now.  The Jacobian may be ill-conditioned.  Is it possible to use -snes_test_display during an intermediate step of the analysis?  I would like to inspect the Jacobian after several solves have already completed,<br>
><br>
>    No, our currently code for testing Jacobians is poor quality and poorly organized. Needs a major refactoring to do things properly. Sorry<br>
<br>
</span>You can use -snes_compare_explicit or -snes_compare_coloring to output differences on each Newton step.<br>
</blockquote></div><br></div>