<div dir="ltr">Hi,<div>I am trying to run the examples of PDSLin 2.0.0[<a href="http://portal.nersc.gov/project/sparse/pdslin/">http://portal.nersc.gov/project/sparse/pdslin/</a>]</div><div><br></div><div>but I got the following error:</div><div><br></div><div><div>:~/pdslin_2.0.0/examples$ mpiexec -n 8 ./dtest input matrices/U.dat</div><div> input->num_doms      = 4</div><div>Preconditioner parameters:</div><div> input->nproc_dcomp   = 4</div><div> input->nproc_schur   = 4</div><div> input->free_local    = PDSLin_NO</div><div> input->dcomp_type    = SCOTCH</div><div> input->diag_tau      = 0.000000e+00</div><div> input->tau_sub       = 0.000000e+00</div><div> input->drop_tau0     = 1.000000e-02</div><div> input->drop_tau2     = 0.000000e+00</div><div> input->drop_tau1     = 1.000000e-03</div><div> input->drop_tau3     = 0.000000e+00</div><div> input->ilu_lvl       = -1</div><div> input->equil_dom    = 0 (no equil or row perm).</div><div> input->perm_dom      = 0</div><div> input->mat_type      = UNSYMMETRIC</div><div> input->mat_pattern   = UNSYMMETRIC</div><div> input->blk_size      = 1</div><div> input->equil_schur   = 5</div><div> input->relax_factor  = 3.000000e-01</div><div> input->pperm_schur   = PDSLin_YES</div><div> input->psymb_schur   = PDSLin_YES</div><div> input->dom_solver    = SLU_DIST</div><div>Schur solution parameters:</div><div> input->inner_outer   = PDSLin_NO</div><div> input->outer_tol     = 1.000000e-12</div><div> input->outer_max     = 50</div><div> input->schur_itrs    = PDSLin_NO</div><div> input->exact_schur   = PDSLin_NO</div><div> input->direct_schur  = PDSLin_NO</div><div> input->explicit_restart  = PDSLin_NO</div><div> input->inner_max     = 500</div><div> input->inner_restart = 60</div><div> input->inner_tol     = 1.000000e-12</div><div> input->inner_solver  = PDSLin_FGMRES</div><div>==== dtest(): reading in matrix from matrices/U.dat</div><div> took 1.785858e-01 seconds to read matrix.</div><div><br></div><div>**********************************************************************</div><div><br></div><div><br></div><div>==== dtest: factorizing the matrix.</div><div>PARMETIS ERROR: Poor initial vertex distribution. Processor 2 has no vertices assigned to it!</div><div>PARMETIS ERROR: Poor initial vertex distribution. Processor 3 has no vertices assigned to it!</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[0]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[0]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[0]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0</div><div>[1]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[1]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[1]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[1]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[1]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[1]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[1]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[1]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[1]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[1]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[1]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[1]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 1</div><div>[2]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[2]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[2]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[2]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[2]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[2]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[2]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[2]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[2]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[2]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[2]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[2]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[2]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[2]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[2]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[2]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[2]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 2</div><div>[3]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[3]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[3]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[3]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[3]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[3]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[3]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[3]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[3]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[3]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[3]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[3]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[3]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[3]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[3]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[3]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 3</div><div>[4]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[4]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[4]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[4]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[4]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[4]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[4]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[4]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[4]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[4]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[4]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[4]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[4]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[4]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[4]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[4]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[4]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 4</div><div>[5]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[5]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[5]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[5]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[5]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[5]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[5]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[5]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[5]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[5]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[5]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[5]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[5]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[5]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[5]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[5]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[5]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 5</div><div>[6]PETSC ERROR: [7]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[7]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[7]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[7]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[7]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[7]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[7]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[7]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[7]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[7]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[7]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[7]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[7]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[7]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[7]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[7]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[7]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 7</div><div>------------------------------------------------------------------------</div><div>[6]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><div>[6]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</div><div>[6]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a></div><div>[6]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</div><div>[6]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</div><div>[6]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</div><div>[6]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</div><div>[6]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</div><div>[6]PETSC ERROR:       is given.</div><div>[6]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</div><div>[6]PETSC ERROR: Signal received</div><div>[6]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</div><div>[6]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.6, Apr, 24, 2017 </div><div>[6]PETSC ERROR: ./dtest on a arch-linux2-c-debug named afrah-pc by afrah Fri Sep 15 13:53:42 2017</div><div>[6]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-debug prefix=/home/afrah/PETSc-library2/petsc-3.7.6/source --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-blacs --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-valgrind=1 --with-valgrind-dir="[/usr/local/bin]"</div><div>[6]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</div><div>application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 6</div></div><div><br></div><div>any idea</div></div>