<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small">OK that is super helpful.  Just to be sure - for MxNxP, the row r in the Jacobian is at r.i*P*N*3 + r.j*P*3 + r.k*3 + r.c?</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 4, 2017 at 4:58 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On Sep 4, 2017, at 3:48 PM, zakaryah . <<a href="mailto:zakaryah@gmail.com">zakaryah@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> One piece of information that would be useful is what ordering PETSc uses for the Jacobian in the snes_test_display.  Is it a natural ordering, or the PETSc ordering?  For debugging the Jacobian manually, the natural ordering is much easier to work with.<br>
<br>
</span>   What is displayed is always the natural ordering (internally it is not the natural ordering).<br>
<span class=""><br>
>  For -n 1, are the orderings the same?<br>
<br>
</span>  yes<br>
<span class=""><br>
<br>
<br>
><br>
> If I use a MatStencil r to represent a field with 3 degrees of freedom, and the dimensions of my 3D DMDA are MxNxP, which row of the Jacobian corresponds to r.i=x, r.j=y, r.k=z, r.c=f?<br>
<br>
</span>Internally it is complicated but for any viewing it is just the natural ordering and all the degrees of freedom for a single point are next to each other in the vector/matrix.<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>