<div dir="ltr">I reconfigured PETSs with installed MPI, however, I got serous error:<br><pre><code>**************************ERROR*************************************<br>  Error during compile, check arch-linux-cxx-opt/lib/petsc/conf/make.log<br>  Send it and arch-linux-cxx-opt/lib/petsc/conf/configure.log to <a href="mailto:petsc-maint@mcs.anl.gov">petsc-maint@mcs.anl.gov</a><br>********************************************************************<br><br></code></pre><pre><code>Please explain what is happening?<br><br></code></pre><pre><code>Thank you very much. <br></code></pre><pre><code><br></code></pre> </div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 19, 2017 at 11:43 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Presumably your cluster already has a recommended MPI to use [which is<br>
already installed. So you should use that - instead of<br>
--download-mpich=1<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, 19 Apr 2017, Pham Pham wrote:<br>
<br>
> Hi,<br>
><br>
> I just installed petsc-3.7.5 into my university cluster. When evaluating<br>
> the computer system, PETSc reports "It appears you have 1 node(s)", I donot<br>
> understand this, since the system is a multinodes system. Could you please<br>
> explain this to me?<br>
><br>
> Thank you very much.<br>
><br>
> S.<br>
><br>
> Output:<br>
> ==============================<wbr>===========<br>
> Now to evaluate the computer systems you plan use - do:<br>
> make PETSC_DIR=/home/svu/mpepvs/<wbr>petsc/petsc-3.7.5<br>
> PETSC_ARCH=arch-linux-cxx-opt streams<br>
> [mpepvs@atlas7-c10 petsc-3.7.5]$ make<br>
> PETSC_DIR=/home/svu/mpepvs/<wbr>petsc/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=arch-linux-cxx-opt<br>
> streams<br>
> cd src/benchmarks/streams; /usr/bin/gmake  --no-print-directory<br>
> PETSC_DIR=/home/svu/mpepvs/<wbr>petsc/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=arch-linux-cxx-opt<br>
> streams<br>
> /home/svu/mpepvs/petsc/petsc-<wbr>3.7.5/arch-linux-cxx-opt/bin/<wbr>mpicxx -o<br>
> MPIVersion.o -c -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing<br>
> -Wno-unknown-pragmas -fvisibility=hidden -g -O<br>
> -I/home/svu/mpepvs/petsc/<wbr>petsc-3.7.5/include<br>
> -I/home/svu/mpepvs/petsc/<wbr>petsc-3.7.5/arch-linux-cxx-<wbr>opt/include<br>
> `pwd`/MPIVersion.c<br>
> Running streams with<br>
> '/home/svu/mpepvs/petsc/petsc-<wbr>3.7.5/arch-linux-cxx-opt/bin/<wbr>mpiexec ' using<br>
> 'NPMAX=12'<br>
> Number of MPI processes 1 Processor names  atlas7-c10<br>
> Triad:         9137.5025   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 2 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:         9707.2815   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 3 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        13559.5275   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 4 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10<br>
> Triad:        14193.0597   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 5 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        14492.9234   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 6 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15476.5912   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 7 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15148.7388   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 8 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15799.1290   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 9 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15671.3104   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 10 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15601.4754   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 11 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15434.5790   Rate (MB/s)<br>
> Number of MPI processes 12 Processor names  atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10 atlas7-c10<br>
> Triad:        15134.1263   Rate (MB/s)<br>
> ------------------------------<wbr>------------------<br>
> np  speedup<br>
> 1 1.0<br>
> 2 1.06<br>
> 3 1.48<br>
> 4 1.55<br>
> 5 1.59<br>
> 6 1.69<br>
> 7 1.66<br>
> 8 1.73<br>
> 9 1.72<br>
> 10 1.71<br>
> 11 1.69<br>
> 12 1.66<br>
> Estimation of possible speedup of MPI programs based on Streams benchmark.<br>
> It appears you have 1 node(s)<br>
> Unable to plot speedup to a file<br>
> Unable to open matplotlib to plot speedup<br>
> [mpepvs@atlas7-c10 petsc-3.7.5]$<br>
> [mpepvs@atlas7-c10 petsc-3.7.5]$<br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>