<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 28, 2017 at 3:46 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:vitse@lmt.ens-cachan.fr" target="_blank">vitse@lmt.ens-cachan.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I'm a fairly new PETSc user and I've been trying to look at ex59 for the last couple of days but I can't seem to have it working, nor can I really understand what's wrong. Maybe there are some options missing in the configuration? I'm also not sure wether the given warning is important or not during the make step...<br>
<br>
You'll find below both the make and run output, thanks in advance for the help.<br>
<br>
Matt<br>
<br>
<br>
<br>
 * Here's the make output:<br>
<br>
vitse@sauternes:/ul/vitse/Docu<wbr>ments/softs/petsc-3.7.5/src/<wbr>ksp/ksp/examples/tutorials$ make ex59<br>
*********************W-a-r-n-i<wbr>-n-g*************************<br>
Your PETSC_DIR may not match the directory you are in<br>
PETSC_DIR  /u/vitse/Documents/softs/petsc<wbr>-3.7.5 Current directory /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials<br>
Ignore this if you are running make test<br>
******************************<wbr>************************<br>
/u/vitse/Documents/softs/petsc<wbr>-3.7.5/linux-gnu-c-debug/bin/<wbr>mpicc -o ex59.o -c -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fvisibility=hidden -g3   -I/u/vitse/Documents/softs/pe<wbr>tsc-3.7.5/include -I/u/vitse/Documents/softs/pet<wbr>sc-3.7.5/linux-gnu-c-debug/inc<wbr>lude    `pwd`/ex59.c<br>
/u/vitse/Documents/softs/petsc<wbr>-3.7.5/linux-gnu-c-debug/bin/<wbr>mpicc -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -Wno-unknown-pragmas -fvisibility=hidden -g3  -o ex59 ex59.o -Wl,-rpath,/u/vitse/Documents/<wbr>softs/petsc-3.7.5/linux-gnu-c-<wbr>debug/lib -L/u/vitse/Documents/softs/pet<wbr>sc-3.7.5/linux-gnu-c-debug/lib -Wl,-rpath,/u/vitse/Documents/<wbr>softs/petsc-3.7.5/linux-gnu-c-<wbr>debug/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64<wbr>-linux-gnu/6 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gn<wbr>u/6 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-lin<wbr>ux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-g<wbr>nu -L/lib/x86_64-linux-gnu -lpetsc -lcmumps -ldmumps -lsmumps -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lHYPRE -lmpicxx -lstdc++ -lm -lflapack -lfblas -lptesmumps -lptscotch -lptscotcherr -lscotch -lscotcherr -lX11 -lhwloc -lpthread -lm -lmpifort -lgfortran -lm -lgfortran -lm -lquadmath -lmpicxx -lstdc++ -lm -lrt -lm -lpthread -lz -Wl,-rpath,/u/vitse/Documents/<wbr>softs/petsc-3.7.5/linux-gnu-c-<wbr>debug/lib -L/u/vitse/Documents/softs/pet<wbr>sc-3.7.5/linux-gnu-c-debug/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/x86_64<wbr>-linux-gnu/6 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gn<wbr>u/6 -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-lin<wbr>ux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/lib/x86_64-linux-g<wbr>nu -L/lib/x86_64-linux-gnu -Wl,-rpath,/usr/lib/x86_64-lin<wbr>ux-gnu -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -ldl -Wl,-rpath,/u/vitse/Documents/<wbr>softs/petsc-3.7.5/linux-gnu-c-<wbr>debug/lib -lmpi -lgcc_s -ldl<br>
/bin/rm -f ex59.o<br>
<br>
<br>
 * and here's what I get when I run the test:<br>
<br>
vitse@sauternes:/ul/vitse/Docu<wbr>ments/softs/petsc-3.7.5/src/<wbr>ksp/ksp/examples/tutorials$ mpiexec -n 4 ex59 -npx 2 -npy 2 -nex 2 -ney 2<br></blockquote><div><br></div><div>This is likely to happen if 'mpiexec' in your path does not match the MPI that you compiled PETSc with. If you configured with --download-mpich</div><div>or something like that, then use</div><div><br></div><div>  $PETSC_DIR/$PETSC_ARCH/bin/mpiexec</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[0]PETSC ERROR:<br>
[0]PETSC ERROR: This is not a uniprocessor test<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.5, unknown<br>
[0]PETSC ERROR: ex59 on a linux-gnu-c-debug named sauternes by vitse Tue Mar 28 09:59:10 2017<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/u/vitse/Documents/s<wbr>ofts/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack=1 --download-mpich=1 --download-superflu-dist=1 --download-parmetis=1 --download-metis=1 --download-ptscotch=1 --with-pcbddc=1 --download-hypre=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-pcbddc=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 InitializeDomainData() line 934 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 main() line 1009 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
[0]PETSC ERROR: -nex 2<br>
[0]PETSC ERROR: -ney 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npx 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npy 2<br>
[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov-------<wbr>---<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[unset]: aborting job:<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
------------------------------<wbr>-------------------------<br>
Primary job  terminated normally, but 1 process returned<br>
a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.<br>
------------------------------<wbr>-------------------------<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[0]PETSC ERROR:<br>
[0]PETSC ERROR: This is not a uniprocessor test<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.5, unknown<br>
[0]PETSC ERROR: ex59 on a linux-gnu-c-debug named sauternes by vitse Tue Mar 28 09:59:10 2017<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/u/vitse/Documents/s<wbr>ofts/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack=1 --download-mpich=1 --download-superflu-dist=1 --download-parmetis=1 --download-metis=1 --download-ptscotch=1 --with-pcbddc=1 --download-hypre=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-pcbddc=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 InitializeDomainData() line 934 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 main() line 1009 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
[0]PETSC ERROR: -nex 2<br>
[0]PETSC ERROR: -ney 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npx 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npy 2<br>
[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov-------<wbr>---<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[unset]: aborting job:<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[0]PETSC ERROR:<br>
[0]PETSC ERROR: This is not a uniprocessor test<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.5, unknown<br>
[0]PETSC ERROR: ex59 on a linux-gnu-c-debug named sauternes by vitse Tue Mar 28 09:59:10 2017<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/u/vitse/Documents/s<wbr>ofts/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack=1 --download-mpich=1 --download-superflu-dist=1 --download-parmetis=1 --download-metis=1 --download-ptscotch=1 --with-pcbddc=1 --download-hypre=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-pcbddc=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 InitializeDomainData() line 934 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 main() line 1009 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
[0]PETSC ERROR: -nex 2<br>
[0]PETSC ERROR: -ney 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npx 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npy 2<br>
[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov-------<wbr>---<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[unset]: aborting job:<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[0]PETSC ERROR:<br>
[0]PETSC ERROR: This is not a uniprocessor test<br>
[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.5, unknown<br>
[0]PETSC ERROR: ex59 on a linux-gnu-c-debug named sauternes by vitse Tue Mar 28 09:59:10 2017<br>
[0]PETSC ERROR: Configure options PETSC_DIR=/u/vitse/Documents/s<wbr>ofts/petsc-3.7.5 PETSC_ARCH=linux-gnu-c-debug --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack=1 --download-mpich=1 --download-superflu-dist=1 --download-parmetis=1 --download-metis=1 --download-ptscotch=1 --with-pcbddc=1 --download-hypre=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 --with-pcbddc=1<br>
[0]PETSC ERROR: #1 InitializeDomainData() line 934 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: #2 main() line 1009 in /ul/vitse/Documents/softs/pets<wbr>c-3.7.5/src/ksp/ksp/examples/<wbr>tutorials/ex59.c<br>
[0]PETSC ERROR: PETSc Option Table entries:<br>
[0]PETSC ERROR: -nex 2<br>
[0]PETSC ERROR: -ney 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npx 2<br>
[0]PETSC ERROR: -npy 2<br>
[0]PETSC ERROR: ----------------End of Error Message -------send entire error message to petsc-maint@mcs.anl.gov-------<wbr>---<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
[unset]: aborting job:<br>
application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 83) - process 0<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
mpiexec detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causing<br>
the job to be terminated. The first process to do so was:<br>
<br>
  Process name: [[40774,1],1]<br>
  Exit code:    83<br>
------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------<br>
<br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>