Barry,<br><br>Thanks. It helps me a lot.<br><br>Five point (stencil width is one) is enough for begin.<br><br>BEST,<br>Wenbo<br><br><div class="quote" style="line-height: 1.5"><br><br>-------- 原始邮件 --------<br>主题：Re: [petsc-maint] Question about DMDA BOUNDARY_CONDITION set<br>发件人：Barry Smith <bsmith@mcs.anl.gov><br>收件人：Wenbo Zhao <zhaowenbo.npic@gmail.com><br>抄送：petsc-users@mcs.anl.gov,Matthew Knepley <knepley@gmail.com>,PETSc         <petsc-maint@mcs.anl.gov><br><br><br type="attribution"><blockquote class="quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>   I can cook up a simple example that communicates the needed ghost values for your boundary conditions.  It may take a day or two.<br><br>    Are you using a five point stencil or a nine point stencil (the nine point stencil seems "weird" for that very corner point)?<br><br><br>  Barry<br><br>> On Mar 21, 2017, at 8:46 AM, Wenbo Zhao <zhaowenbo.npic@gmail.com> wrote:<br>> <br>> Matt,<br>> <br>> Thanks.<br>> <br>> I want to solve neutron diffusion equations using finite difference method and PETSc.<br>> This rotation boundary condition is very common in my cases.<br>> Though the mesh consists of  ~ 10 Miliion structured hexahedron cells, the mesh is simple and could be discribed by three vectors about x, y and z axis.<br>> It is appropriate for DMDA except boundary condition. <br>> <br>> I wanted to make mesh partition like DMDA by hand. Then I need to create matrix and vector and assemble matrix, and et al. I thought it was an easy work.<br>> As you say, it's not.<br>> <br>> As a newer, I can use DACreate2d to begin. It's OK.<br>> But finally, it does need this optimization.<br>> <br>> Though I read the manual about the vector and matrix, I am not clear about the basic idea behind the code.<br>> How can I create a matrix and vector as my mesh partition and create the map between the nature ordering and the PETSc ordering in global vector?<br>> How does vector communicate in the operation of matrix multi vector? Does it achieved automatically?<br>> <br>> BETS,<br>> <br>> Wenbo<br>> <br>> <br>> <br>> <br>> <br><br></blockquote></div>