<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Mar 21, 2017 at 1:46 PM, Wenbo Zhao <span dir="ltr"><<a href="mailto:zhaowenbo.npic@gmail.com" target="_blank">zhaowenbo.npic@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Matt,<div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>I want to solve neutron diffusion equations using finite difference method and PETSc.</div><div>This rotation boundary condition is very common in my cases.<br></div><div>Though the mesh consists of  ~ 10 Miliion structured hexahedron cells, the mesh is simple and could be discribed by three vectors about x, y and z axis.</div><div>It is appropriate for DMDA except boundary condition. </div><div><br></div><div>I wanted to make mesh partition like DMDA by hand. Then I need to create matrix and vector and assemble matrix, and et al. I thought it was an easy work.</div><div>As you say, it's not.</div><div><br></div><div>As a newer, I can use DACreate2d to begin. It's OK.</div><div>But finally, it does need this optimization.</div><div><br></div><div>Though I read the manual about the vector and matrix, I am not clear about the basic idea behind the code.</div><div>How can I create a matrix and vector as my mesh partition</div></div></blockquote><div><br></div><div><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/DM/DMCreateGlobalVector.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/DM/DMCreateGlobalVector.html</a></div><div> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div> and create the map between the nature ordering and the PETSc ordering in global vector?</div></div></blockquote><div><br></div><div><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/DM/DMDAGlobalToNaturalBegin.html#DMDAGlobalToNaturalBegin">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/DM/DMDAGlobalToNaturalBegin.html#DMDAGlobalToNaturalBegin</a><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>How does vector communicate in the operation of matrix multi vector?</div></div></blockquote><div><br></div><div><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/Mat/MatMult.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-current/docs/manualpages/Mat/MatMult.html</a><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div> Does it achieved automatically?</div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>BETS,</div><div><br></div><div>Wenbo</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>