<div dir="ltr">Awesome, that did it, thanks once again.<div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 6, 2017 at 1:53 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><br>
   Take the scatter out of the if () since everyone does it and get rid of the VecView().<br>
<br>
   Does this work? If not where is it hanging?<br>
<span class=""><br>
<br>
> On Jan 6, 2017, at 3:29 PM, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Thanks Dave,<br>
><br>
> I think is interesting it never gave an error on this, after adding the vecassembly calls it still shows the same behavior, without complaining, i did:<br>
><br>
> if(rankl==0)then<br>
><br>
>      call VecSetValues(bp0,nbdp,ind,Rhs,<wbr>INSERT_VALUES,ierr)<br>
>      call VecAssemblyBegin(bp0,ierr) ; call VecAssemblyEnd(bp0,ierr);<br>
>      CHKERRQ(ierr)<br>
><br>
</span>endif<br>
<span class="im HOEnZb">><br>
><br>
>      call VecScatterBegin(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
>      call VecScatterEnd(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
>      print*,"done! "<br>
>      CHKERRQ(ierr)<br>
><br>
><br>
</span><div class="HOEnZb"><div class="h5">>        CHKERRQ(ierr)<br>
><br>
><br>
> Thanks.<br>
><br>
> On Fri, Jan 6, 2017 at 12:44 PM, Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> On 6 January 2017 at 20:24, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> Great help Barry, i totally had overlooked that option (it is explicit in the vecscatterbegin call help page but not in vecscattercreatetozero, as i read later)<br>
><br>
> So i used that and it works partially, it scatters te values assigned in root but not the rest, if i call vecscatterbegin from outside root it hangs, the code currently look as this:<br>
><br>
>   call VecScatterCreateToZero(bp2,<wbr>ctr,bp0,ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
><br>
>   call PetscObjectSetName(bp0, 'bp0:',ierr)<br>
><br>
> if(rankl==0)then<br>
><br>
>      call VecSetValues(bp0,nbdp,ind,Rhs,<wbr>INSERT_VALUES,ierr)<br>
><br>
>      call VecView(bp0,PETSC_VIEWER_<wbr>STDOUT_WORLD,ierr)<br>
><br>
><br>
> You need to call<br>
><br>
>   VecAssemblyBegin(bp0);<br>
>   VecAssemblyEnd(bp0);<br>
> after your last call to VecSetValues() before you can do any operations with bp0.<br>
><br>
> With your current code, the call to VecView should produce an error if you used the error checking macro CHKERRQ(ierr) (as should VecScatter{Begin,End}<br>
><br>
> Thanks,<br>
>   Dave<br>
><br>
><br>
>      call VecScatterBegin(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
>      call VecScatterEnd(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
>      print*,"done! "<br>
>      CHKERRQ(ierr)<br>
><br>
> endif<br>
><br>
>    ! call VecScatterBegin(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
>    !  call VecScatterEnd(ctr,bp0,bp2,<wbr>INSERT_VALUES,SCATTER_REVERSE,<wbr>ierr)<br>
><br>
>   call VecView(bp2,PETSC_VIEWER_<wbr>STDOUT_WORLD,ierr)<br>
><br>
>   call PetscBarrier(PETSC_NULL_<wbr>OBJECT,ierr)<br>
><br>
>   call exit()<br>
><br>
><br>
><br>
> And the output is: (with bp the right answer)<br>
><br>
> Vec Object:bp: 2 MPI processes<br>
>   type: mpi<br>
> Process [0]<br>
> 1.<br>
> 2.<br>
> Process [1]<br>
> 4.<br>
> 3.<br>
> Vec Object:bp2: 2 MPI processes  (before scatter)<br>
>   type: mpi<br>
> Process [0]<br>
> 0.<br>
> 0.<br>
> Process [1]<br>
> 0.<br>
> 0.<br>
> Vec Object:bp0: 1 MPI processes<br>
>   type: seq<br>
> 1.<br>
> 2.<br>
> 4.<br>
> 3.<br>
>  done!<br>
> Vec Object:bp2: 2 MPI processes  (after scatter)<br>
>   type: mpi<br>
> Process [0]<br>
> 1.<br>
> 2.<br>
> Process [1]<br>
> 0.<br>
> 0.<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> Thanks inmensely for your help,<br>
><br>
> Manuel<br>
><br>
><br>
> On Thu, Jan 5, 2017 at 4:39 PM, Barry Smith <<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > On Jan 5, 2017, at 6:21 PM, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > Hello Devs is me again,<br>
> ><br>
> > I'm trying to distribute a vector to all called processes, the vector would be originally in root as a sequential vector and i would like to scatter it, what would the best call to do this ?<br>
> ><br>
> > I already know how to gather a distributed vector to root with VecScatterCreateToZero, this would be the inverse operation,<br>
><br>
>    Use the same VecScatter object but with SCATTER_REVERSE, not you need to reverse the two vector arguments as well.<br>
><br>
><br>
> > i'm currently trying with VecScatterCreate() and as of now im doing the following:<br>
> ><br>
> ><br>
> > if(rank==0)then<br>
> ><br>
> ><br>
> >      call VecCreate(PETSC_COMM_SELF,bp0,<wbr>ierr); CHKERRQ(ierr) !if i use WORLD<br>
> >                                                              !freezes in SetSizes<br>
> >      call VecSetSizes(bp0,PETSC_DECIDE,<wbr>nbdp,ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
> >      call VecSetType(bp0,VECSEQ,ierr)<br>
> >      call VecSetFromOptions(bp0,ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
> ><br>
> ><br>
> >      call VecSetValues(bp0,nbdp,ind,Rhs,<wbr>INSERT_VALUES,ierr)<br>
> ><br>
> >      !call VecSet(bp0,5.0D0,ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
> ><br>
> ><br>
> >      call VecView(bp0,PETSC_VIEWER_<wbr>STDOUT_WORLD,ierr)<br>
> ><br>
> >      call VecAssemblyBegin(bp0,ierr) ; call VecAssemblyEnd(bp0,ierr) !rhs<br>
> ><br>
> >      do i=0,nbdp-1,1<br>
> >         ind(i+1) = i<br>
> >      enddo<br>
> ><br>
> >      call ISCreateGeneral(PETSC_COMM_<wbr>SELF,nbdp,ind,PETSC_COPY_<wbr>VALUES,locis,ierr)<br>
> ><br>
> >     !call VecScatterCreate(bp0,PETSC_<wbr>NULL_OBJECT,bp2,is,ctr,ierr) !if i use SELF<br>
> >                                                                   !freezes here.<br>
> ><br>
> >      call VecScatterCreate(bp0,locis,<wbr>bp2,PETSC_NULL_OBJECT,ctr,<wbr>ierr)<br>
> ><br>
> > endif<br>
> ><br>
> > bp2 being the receptor MPI vector to scatter to<br>
> ><br>
> > But it freezes in VecScatterCreate when trying to use more than one processor, what would be a better approach ?<br>
> ><br>
> ><br>
> > Thanks once again,<br>
> ><br>
> > Manuel<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 3:30 PM, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> > Thanks i had no idea how to debug and read those logs, that solved this issue at least (i was sending a message from root to everyone else, but trying to catch from everyone else including root)<br>
> ><br>
> > Until next time, many thanks,<br>
> ><br>
> > Manuel<br>
> ><br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 3:23 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 5:21 PM, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> > I did a PetscBarrier just before calling the vicariate routine and im pretty sure im calling it from every processor, code looks like this:<br>
> ><br>
> > From the gdb trace.<br>
> ><br>
> >   Proc 0: Is in some MPI routine you call yourself, line 113<br>
> ><br>
> >   Proc 1: Is in VecCreate(), line 130<br>
> ><br>
> > You need to fix your communication code.<br>
> ><br>
> >    Matt<br>
> ><br>
> > call PetscBarrier(PETSC_NULL_<wbr>OBJECT,ierr)<br>
> ><br>
> > print*,'entering POInit from',rank<br>
> > !call exit()<br>
> ><br>
> > call PetscObjsInit()<br>
> ><br>
> ><br>
> > And output gives:<br>
> ><br>
> >  entering POInit from           0<br>
> >  entering POInit from           1<br>
> >  entering POInit from           2<br>
> >  entering POInit from           3<br>
> ><br>
> ><br>
> > Still hangs in the same way,<br>
> ><br>
> > Thanks,<br>
> ><br>
> > Manuel<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 2:55 PM, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> > Thanks for the answers !<br>
> ><br>
> > heres the screenshot of what i got from bt in gdb (great hint in how to debug in petsc, didn't know that)<br>
> ><br>
> > I don't really know what to look at here,<br>
> ><br>
> > Thanks,<br>
> ><br>
> > Manuel<br>
> ><br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 2:39 PM, Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > Are you certain ALL ranks in PETSC_COMM_WORLD call these function(s). These functions cannot be inside if statements like<br>
> > if (rank == 0){<br>
> >   VecCreateMPI(...)<br>
> > }<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Wed, 4 Jan 2017 at 23:34, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> > Thanks Dave for the quick answer, appreciate it,<br>
> ><br>
> > I just tried that and it didn't make a difference, any other suggestions ?<br>
> ><br>
> > Thanks,<br>
> > Manuel<br>
> ><br>
> > On Wed, Jan 4, 2017 at 2:29 PM, Dave May <<a href="mailto:dave.mayhem23@gmail.com">dave.mayhem23@gmail.com</a>> wrote:<br>
> > You need to swap the order of your function calls.<br>
> > Call VecSetSizes() before VecSetType()<br>
> ><br>
> > Thanks,<br>
> >   Dave<br>
> ><br>
> ><br>
> > On Wed, 4 Jan 2017 at 23:21, Manuel Valera <<a href="mailto:mvalera@mail.sdsu.edu">mvalera@mail.sdsu.edu</a>> wrote:<br>
> > Hello all, happy new year,<br>
> ><br>
> > I'm working on parallelizing my code, it worked and provided some results when i just called more than one processor, but created artifacts because i didn't need one image of the whole program in each processor, conflicting with each other.<br>
> ><br>
> > Since the pressure solver is the main part i need in parallel im chosing mpi to run everything in root processor until its time to solve for pressure, at this point im trying to create a distributed vector using either<br>
> ><br>
> >      call VecCreateMPI(PETSC_COMM_WORLD,<wbr>PETSC_DECIDE,nbdp,xp,ierr)<br>
> > or<br>
> >      call VecCreate(PETSC_COMM_WORLD,xp,<wbr>ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
> >      call VecSetType(xp,VECMPI,ierr)<br>
> >      call VecSetSizes(xp,PETSC_DECIDE,<wbr>nbdp,ierr); CHKERRQ(ierr)<br>
> ><br>
> ><br>
> > In both cases program hangs at this point, something it never happened on the naive way i described before. I've made sure the global size, nbdp, is the same in every processor. What can be wrong?<br>
> ><br>
> > Thanks for your kind help,<br>
> ><br>
> > Manuel.<br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> > -- Norbert Wiener<br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>