<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 6, 2017 at 10:08 AM, Patrick Begou <span dir="ltr"><<a href="mailto:Patrick.Begou@legi.grenoble-inp.fr" target="_blank">Patrick.Begou@legi.grenoble-inp.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Matthew,<br>
<br>
Using the debuguer I finaly found the problem. It is related to MPI. In src/sys/objects/pinit.c line 779, petsc test the availability of PETSC_HAVE_MPI_INIT_THREAD and this is set to True beccause my OpenMPI version is compiled with  --enable-mpi-thread-multiple.<br>
However the call to MPI_Init_thread(argc,args,MPI_<wbr>THREAD_FUNNELED,&provided) hangs and freeze the application.<br>
<br>
Unsetting PETSC_HAVE_MPI_INIT_THREAD in petsc solves the problem.<br>
<br>
I remember a HPC seminar on BULLX systems where they give us some informations about known problems whith the MPI_Init_thread call in openMPI. May be I should use a more recent version of OpenMPI. This also explain why I had this problem with previous versions of petsc (same OpenMPI environment).<br>
None of our codes mixes OpenMP and MPI.... so I never fall in this situation in production and petsc always behave fine (excepted for make test).<br></blockquote><div><br></div><div>Thanks for finding this.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Is there a way to turn off PETSC_HAVE_MPI_INIT_THREAD at configure time for Petsc ? I've manualy removed it in the generated petscconf.h file before compiling Petsc in debug mode but I don't think it is the best way to to this.....<br></blockquote><div><br></div><div>Right now, no. I will talk to everyone to figure out the best solution and update our release tarball.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Thanks for your help in running separatly the test codes.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Patrick<br>
<br>
-- <br>
==============================<wbr>==============================<wbr>=======<br>
|  Equipe M.O.S.T.         |                                      |<br>
|  Patrick BEGOU           | mailto:<a href="mailto:Patrick.Begou@grenoble-inp.fr" target="_blank">Patrick.Begou@grenoble-<wbr>inp.fr</a> |<br>
|  LEGI                    |                                      |<br>
|  BP 53 X                 | Tel 04 76 82 51 35                   |<br>
|  38041 GRENOBLE CEDEX    | Fax 04 76 82 52 71                   |<br>
==============================<wbr>==============================<wbr>=======<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>