<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 12, 2016 at 12:41 AM, Praveen C <span dir="ltr"><<a href="mailto:cpraveen@gmail.com" target="_blank">cpraveen@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Sorry for being incomplete. I use backward euler and snes. The figure I sent shows solution changes by a large amount in each time step. The major change is at extrema. The change in one time step<div><br></div><div>u^{n+1} - u^n</div><div><br></div><div>which must come from snes is not a smooth function of x.<br><div><br></div><div>If I use dt = dx, then snes does not converge even after 50 iterations, here is output (Fenics code)</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  0 SNES Function norm 1.977638959494e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  1 SNES Function norm 1.924169835496e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  2 SNES Function norm 1.922201608879e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  3 SNES Function norm 1.920237421814e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  4 SNES Function norm 1.918277062381e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  5 SNES Function norm 1.916320289472e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  6 SNES Function norm 1.914366865403e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  7 SNES Function norm 1.912416585240e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  8 SNES Function norm 1.910469283868e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">  9 SNES Function norm 1.899960770375e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 10 SNES Function norm 1.879131065459e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 11 SNES Function norm 1.857531063656e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 12 SNES Function norm 1.836809521483e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 13 SNES Function norm 1.816709863124e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 14 SNES Function norm 1.797014998190e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 15 SNES Function norm 1.777737697197e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 16 SNES Function norm 1.758825541543e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 17 SNES Function norm 1.740232061718e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 18 SNES Function norm 1.721929885464e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 19 SNES Function norm 1.703895519687e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 20 SNES Function norm 1.686113465512e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 21 SNES Function norm 1.668566528915e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 22 SNES Function norm 1.651247832992e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 23 SNES Function norm 1.634150402758e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 24 SNES Function norm 1.617265971731e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 25 SNES Function norm 1.600589248992e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 26 SNES Function norm 1.584114929900e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 27 SNES Function norm 1.567836662164e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 28 SNES Function norm 1.551748332761e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 29 SNES Function norm 1.535845822400e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 30 SNES Function norm 1.520125060009e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 31 SNES Function norm 1.504582049738e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 32 SNES Function norm 1.489213340181e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 33 SNES Function norm 1.474015969067e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 34 SNES Function norm 1.458987020278e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 35 SNES Function norm 1.444123487154e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 36 SNES Function norm 1.429422455304e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 37 SNES Function norm 1.414881258532e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 38 SNES Function norm 1.400497521029e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 39 SNES Function norm 1.386269021843e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 40 SNES Function norm 1.372193573931e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 41 SNES Function norm 1.358269024537e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 42 SNES Function norm 1.344493290602e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 43 SNES Function norm 1.330864378208e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 44 SNES Function norm 1.317380313100e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 45 SNES Function norm 1.304039060314e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 46 SNES Function norm 1.290838655798e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 47 SNES Function norm 1.277777248327e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 48 SNES Function norm 1.264853054978e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 49 SNES Function norm 1.252064339134e+00 </span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"> 50 SNES Function norm 1.239409403964e+00</span></p><p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:menlo;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures"><br></span></p>Function norm is decreasing but very slowly. The initial guess for newton, which is just solution from old time, is too far from the solution.</div><div><br></div><div>With dt = dx^2, it works fine, but this time step is too small.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>1) Are you using TS? I am guessing the answer is no.</div><div><br></div><div>2) This looks like you have a bug in the Jacobian. A larger timestep just gives you the elliptic operator.</div><div><br></div><div>Try</div><div><br></div><div>  a) Using -pc_type lu, which removes the linear solve as a variable</div><div><br></div><div>  b) Using -snes_fd on a small problem, which gives the correct Jacobian</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Best</div><div>praveen</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Dec 12, 2016 at 11:50 AM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span>On Sun, Dec 11, 2016 at 11:23 PM, Praveen C <span dir="ltr"><<a href="mailto:cpraveen@gmail.com" target="_blank">cpraveen@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all<div><br></div><div>I am solving a nonlinear parabolic problem with snes. The newton update is rather non-smooth and I have convergence problems when using default options. </div><div><br></div><div>Attached figure shows how solution changes in two time steps.</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>It is not clear what you mean here. Newton does not solve timestepping problems. Maybe you are using it</div><div>with an implicit timestepper, but its still not clear what you mean by non-smooth updates. Did you try with</div><div>TS?</div><div><br></div><div>   Matt</div><span><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Are there any special algorithms/options in snes that I can use for such problem ?</div><div><br></div><div>Thanks</div><span class="m_-8926167716129053567m_-1617827867909688897HOEnZb"><font color="#888888"><div>praveen</div></font></span></div>
</blockquote></span></div><span class="m_-8926167716129053567HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div>-- <br><div class="m_-8926167716129053567m_-1617827867909688897gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</font></span></font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>