<div dir="ltr">Hello all,<div><br></div><div>In the model we are working now, we are using a big laplacian matrix written as a binary file that is read in each iteration to solve for pressure, in a particular testcase and always for iteration 1008 we get the following error, any ideas why this would be ? Thanks :</div><div><br></div><div><div><font face="monospace, monospace"> solveP pass:        1008</font></div><div><font face="monospace, monospace"> RHS loaded, size:       200000 /      200000</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Unable to open file</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Cannot open file laplacian.petsc for reading</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.4, unknown</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: ./ucmsLEP on a arch-linux2-c-debug named node21 by valera Sat Nov  5 16:23:47 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-netcdf --download-hypre --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-cmake --with-cxx-dialect=C++11</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #1 PetscViewerFileSetUp_Binary() line 1249 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/sys/classes/viewer/impls/binary/binv.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #2 PetscViewerSetUp_Binary() line 1387 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/sys/classes/viewer/impls/binary/binv.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #3 PetscViewerSetUp() line 336 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/sys/classes/viewer/interface/view.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #4 MatLoad_SeqAIJ() line 4152 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/mat/impls/aij/seq/aij.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #5 MatLoad() line 1013 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/mat/interface/matrix.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Nonconforming object sizes</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Preconditioner number of local rows -1 does not equal resulting vector number of rows 200000</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.4, unknown</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: ./ucmsLEP on a arch-linux2-c-debug named node21 by valera Sat Nov  5 16:23:47 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-netcdf --download-hypre --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-cmake --with-cxx-dialect=C++11</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #6 PCApply() line 474 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/ksp/pc/interface/precon.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Object is in wrong state</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Must call MatXXXSetPreallocation() or MatSetUp() on argument 1 "mat" before MatGetFactorAvailable()</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.4, unknown</font></div></div><div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: ./ucmsLEP on a arch-linux2-c-debug named node21 by valera Sat Nov  5 16:23:47 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-netcdf --download-hypre --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-cmake --with-cxx-dialect=C++11</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #6 PCApply() line 474 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/ksp/pc/interface/precon.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Object is in wrong state</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Must call MatXXXSetPreallocation() or MatSetUp() on argument 1 "mat" before MatGetFactorAvailable()</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.4, unknown</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: ./ucmsLEP on a arch-linux2-c-debug named node21 by valera Sat Nov  5 16:23:47 2016</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --download-hdf5 --download-netcdf --download-hypre --download-metis --download-parmetis --download-superlu_dist --download-cmake --with-cxx-dialect=C++11</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #7 MatGetFactorAvailable() line 4289 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/mat/interface/matrix.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #8 PCGetDefaultType_Private() line 28 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/ksp/pc/interface/precon.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #9 PCSetFromOptions() line 159 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/ksp/pc/interface/pcset.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">[0]PETSC ERROR: #10 KSPSetFromOptions() line 400 in /usr/dataC/home/valera/petsc/src/ksp/ksp/interface/itcl.c</font></div><div><font face="monospace, monospace">application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 73) - process 0</font></div><div><font face="monospace, monospace">[cli_0]: aborting job:</font></div><div><font face="monospace, monospace">application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 73) - process 0</font></div><div><font face="monospace, monospace"><br></font></div><div><font face="monospace, monospace">===================================================================================</font></div><div><font face="monospace, monospace">=   BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES</font></div><div><font face="monospace, monospace">=   PID 15931 RUNNING AT node21</font></div><div><font face="monospace, monospace">=   EXIT CODE: 73</font></div><div><font face="monospace, monospace">=   CLEANING UP REMAINING PROCESSES</font></div><div><font face="monospace, monospace">=   YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES</font></div><div><font face="monospace, monospace">===================================================================================</font></div><div><font face="monospace, monospace">~            </font>            </div></div></div>