<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 25, 2016 at 6:39 AM, Morten Nobel-Jørgensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:mono@dtu.dk" target="_blank">mono@dtu.dk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Dear Matt
<div><br>
</div>
<div>Did you (or anyone else) find time to look at our issue?</div>
<div><br>
</div>
<div>We are really looking forward to your answer :)</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Yes, I had a little difficulty understanding what was going on, but now I think I see. I am</div><div>attaching my modified ex19.cc. Please look at the sections marked with 'MGK'. The largest</div><div>change is that I think you can dispense with your matrix data structure, and just call</div><div>DMPlexVecGetValuesClosure (for coordinates) and DMPlexMatSetValuesClosure (for element matrices).</div><div>I did not understand what you needed to modify for ExodusII.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">
<div>Kind regards,</div>
<div>Morten<br>
<div style="font-family:Times New Roman;color:#000000;font-size:16px">
<hr>
<div id="m_-6041820620756280977divRpF667634" style="direction:ltr"><font face="Tahoma" size="2" color="#000000"><b>From:</b> Matthew Knepley [<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, October 12, 2016 3:41 PM<br>
<b>To:</b> Morten Nobel-Jørgensen<br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
<b>Subject:</b> Re: Element to local dof map using dmplex<br>
</font><br>
</div><div><div class="h5">
<div></div>
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On Wed, Oct 12, 2016 at 6:40 AM, Morten Nobel-Jørgensen <span dir="ltr">
<<a href="mailto:mono@dtu.dk" target="_blank">mono@dtu.dk</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Dear PETSc developers / Matt<br>
<br>
Thanks for your suggestions regarding our use of dmplex in a FEM context. However, Matt's advise on  using the PetscFE is not sufficient for our needs (our end goal is a topology optimization framework - not just FEM) and we must honestly admit that we do not
 see how we can use the MATIS and the MatSetValuesClosure or DMPlexMatSetClosure to solve our current issues as Stefano has suggested.<br>
<br>
We have therefore created a more representative, yet heavily oversimplified, code example that demonstrates our problem. That is, the dof handling is only correct on a single process and goes wrong on np>1.<br>
<br>
We hope very much that you can help us to overcome our problem.<br>
</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Okay, I will look at it and try to rework it to fix your problem.</div>
<div><br>
</div>
<div>I am in London this week, so it might take me until next week.</div>
<div><br>
</div>
<div>  Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>     Matt</div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Thank you for an excellent toolkit<br>
Morten and Niels</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div class="m_-6041820620756280977gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>