<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 October 2016 at 18:55, Eric Chamberland <span dir="ltr"><<a href="mailto:Eric.Chamberland@giref.ulaval.ca" target="_blank">Eric.Chamberland@giref.ulaval.ca</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I am on a new issue with a message:<br>
[1]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--<br>
[1]PETSC ERROR: Argument out of range<br>
[1]PETSC ERROR: New nonzero at (374328,1227) caused a malloc<br>
Use MatSetOption(A, MAT_NEW_NONZERO_ALLOCATION_ERR<wbr>, PETSC_FALSE) to turn off this check<br>
[1]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>
[1]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.2, Jun, 05, 2016<br>
[1]PETSC ERROR: /pmi/ericc/projetm4/depots_pre<wbr>push/BIB/bin/BIBMEF.opt on a arch-linux2-c-debug named lorien by eric Fri Oct 21 13:46:51 2016<br>
[1]PETSC ERROR: Configure options --prefix=/opt/petsc-3.7.2_debu<wbr>g_matmatmult_mpi --with-mpi-compilers=1 --with-make-np=12 --with-shared-libraries=1 --with-mpi-dir=/opt/openmpi-1.<wbr>10.2 --with-debugging=yes --with-mkl_pardiso=1 --with-mkl_pardiso-dir=/opt/in<wbr>tel/composerxe/mkl --download-ml=yes --download-mumps=yes --download-superlu=yes --download-superlu_dist=yes --download-parmetis=yes --download-ptscotch=yes --download-metis=yes --download-suitesparse=yes --download-hypre=yes --with-scalapack=1 --with-scalapack-include=/opt/<wbr>intel/composerxe/mkl/include --with-scalapack-lib="-L/opt/i<wbr>ntel/composerxe/mkl/lib/intel6<wbr>4 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64" --with-blas-lapack-dir=/opt/in<wbr>tel/composerxe/mkl/lib/intel64<br>
[1]PETSC ERROR: #1 MatSetValues_MPIAIJ() line 616 in /groshd/ericc/petsc-3.7.2-debu<wbr>g/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij<wbr>.c<br>
[1]PETSC ERROR: #2 MatAssemblyEnd_MPIAIJ() line 724 in /groshd/ericc/petsc-3.7.2-debu<wbr>g/src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij<wbr>.c<br>
[1]PETSC ERROR: #3 MatAssemblyEnd() line 5194 in /groshd/ericc/petsc-3.7.2-debu<wbr>g/src/mat/interface/matrix.c<br>
<br>
I am starting to debug, but I just want to be sure that the indices 374328 and 1227 are both global indices...<br></blockquote><div><br></div><div>They are.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
re-reading the thread makes me think yes... but I am not 100% sure...<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Eric<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
<br>
On 26/03/15 09:52 PM, Barry Smith wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
  Eric,<br>
<br>
  I have now updated all the standard MPI matrix types AIJ, BAIJ, SBAIJ to print the correct global indices in the error messages when a new nonzero location is generated thus making debugging this issue easier. In the branches barry/fix-inserting-new-nonzer<wbr>o-column-location, next and the next release.<br>
<br>
   Thanks for pushing on this. The previous code was too "developer centric" and not enough "user centric" enough.<br>
<br>
   Barry<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
On Mar 25, 2015, at 1:03 PM, Eric Chamberland <<a href="mailto:Eric.Chamberland@giref.ulaval.ca" target="_blank">Eric.Chamberland@giref.ulaval<wbr>.ca</a>> wrote:<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
while looking for where in the world do I insert the (135,9) entry in my matrix, I have discovered that the column # shown is wrong in parallel!<br>
<br>
I am using PETsc 3.5.3.<br>
<br>
The full error message is:<br>
<br>
[0]PETSC ERROR: MatSetValues_MPIAIJ() line 564 in /home/mefpp_ericc/petsc-3.5.3/<wbr>src/mat/impls/aij/mpi/mpiaij.c Inserting a new nonzero (135, 9) into matrix<br>
<br>
This line code is a call to a #defined macro:<br>
<br>
MatSetValues_SeqAIJ_B_Private(<wbr>row,col,value,addv);<br>
<br>
where the "col" parameter is not equal to "in[j]"!!!<br>
<br>
in gdb, printing "in[j]" gave me:<br>
<br>
print in[j]<br>
$6 = 537<br>
<br>
while "col" is:<br>
<br>
print col<br>
$7 = 9<br>
<br>
So, I expected to have a message telling me that (135,537) and not (135,9) is a new entry matrix!!!<br>
<br>
Would it be a big work to fix this so that the col # displayed is correct?<br>
<br>
Thanks!<br>
<br>
Eric<br>
</blockquote></blockquote>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>