<div dir="ltr"><div><div>Thanks, Hong and Jed.<br><br></div>I am going to explicitly add a few zeros into the matrix.<br><br><br></div><div>Regards,<br></div><div><br></div>Fande, <br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 18, 2016 at 9:46 AM, Hong <span dir="ltr"><<a href="mailto:hzhang@mcs.anl.gov" target="_blank">hzhang@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>You need set 0.0 to the diagonals.</div>Diagonal storage is used in PETSc library.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div></font></span><div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">Hong</font></span><div><div class="h5"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 18, 2016 at 10:11 AM, Kong, Fande <span dir="ltr"><<a href="mailto:fande.kong@inl.gov" target="_blank">fande.kong@inl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Developers,<br><br></div>Any reason to force users provide a matrix which does not miss any diagonal entries when using a LU-type solver? <br><br>Sometime, it is impossible to have all diagonal entries in a matrix, that is, the matrix has to miss some diagonal entries. For example, there is a saddle-point matrix from the discretization of incomprehensible equations, and the lower part of the matrix is a zero block. The matrix usually looks like:<br><br></div>| A   B^T  |<br></div>| B    0     |<br><div><div><br><br></div><div><div><div><br><br><br>[56]PETSC ERROR: Object is in wrong state<br>[56]PETSC ERROR: Matrix is missing diagonal entry 33<br>[56]PETSC ERROR: See <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.mcs.anl.gov_petsc_documentation_faq.html&d=CwMFaQ&c=54IZrppPQZKX9mLzcGdPfFD1hxrcB__aEkJFOKJFd00&r=DUUt3SRGI0_JgtNaS3udV68GRkgV4ts7XKfj2opmiCY&m=rGGzwQ3YeqAfah8-uPSZwxM_Rf91WEU1UKQesi8UMi0&s=MvjUyc6lhioQlvGYpWhxtc8rWrFV4gbQjYOmBYlIyiA&e=" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/d<wbr>ocumentation/faq.html</a> for trouble shooting.<br>[56]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.6.2, unknown <br>[56]PETSC ERROR: ./fluid on a arch-linux2-cxx-opt named ys0755 by fandek Mon Oct 17 17:06:08 2016<br>[56]PETSC ERROR: Configure options --with-clanguage=cxx --with-shared-libraries=1 --download-fblaslapack=1 --with-mpi=1 --download-parmetis=1 --download-metis=1 --with-netcdf=1 --download-exodusii=1 --with-hdf5=1 --with-debugging=no --with-c2html=0 --with-64-bit-indices=1 --download-hypre=1 --download-superlu_dist=1<br>[56]PETSC ERROR: #1 MatILUFactorSymbolic_SeqAIJ() line 1729 in /petsc_installed/petsc/src/mat<wbr>/impls/aij/seq/aijfact.c<br>[56]PETSC ERROR: #2 MatILUFactorSymbolic() line 6457 in /petsc_installed/petsc/src/mat<wbr>/interface/matrix.c<br>[56]PETSC ERROR: #3 PCSetUp_ILU() line 204 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/impls/factor/ilu/ilu.c<br>[56]PETSC ERROR: #4 PCSetUp() line 983 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/interface/precon.c<br>[56]PETSC ERROR: #5 KSPSetUp() line 332 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itfunc.c<br>[56]PETSC ERROR: #6 PCSetUpOnBlocks_ASM() line 405 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/impls/asm/asm.c<br>[56]PETSC ERROR: #7 PCSetUpOnBlocks() line 1016 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/interface/precon.c<br>[56]PETSC ERROR: #8 KSPSetUpOnBlocks() line 167 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itfunc.c<br>[56]PETSC ERROR: #9 KSPSolve() line 552 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itfunc.c<br>[56]PETSC ERROR: #10 PCApply_LSC() line 83 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/impls/lsc/lsc.c<br>[56]PETSC ERROR: #11 PCApply() line 483 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/interface/precon.c<br>[56]PETSC ERROR: #12 KSP_PCApply() line 242 in /petsc_installed/petsc/include<wbr>/petsc/private/kspimpl.h<br>[56]PETSC ERROR: #13 KSPSolve_PREONLY() line 26 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/impls/preonly/preonly.c<br>[56]PETSC ERROR: #14 KSPSolve() line 604 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itfunc.c<br>[56]PETSC ERROR: #15 PCApply_FieldSplit_Schur() line 904 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/impls/fieldsplit/fieldspli<wbr>t.c<br>[56]PETSC ERROR: #16 PCApply() line 483 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/pc/interface/precon.c<br>[56]PETSC ERROR: #17 KSP_PCApply() line 242 in /petsc_installed/petsc/include<wbr>/petsc/private/kspimpl.h<br>[56]PETSC ERROR: #18 KSPInitialResidual() line 63 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itres.c<br>[56]PETSC ERROR: #19 KSPSolve_GMRES() line 235 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/impls/gmres/gmres.c<br>[56]PETSC ERROR: #20 KSPSolve() line 604 in /petsc_installed/petsc/src/ksp<wbr>/ksp/interface/itfunc.c<br>[56]PETSC ERROR: #21 SNESSolve_NEWTONLS() line 233 in /petsc_installed/petsc/src/sne<wbr>s/impls/ls/ls.c<br>[56]PETSC ERROR: #22 SNESSolve() line 3906 in /petsc_installed/petsc/src/sne<wbr>s/interface/snes.c<br><br><br></div><div>Thanks,<br></div><div><br></div><div>Fande Kong,<br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>