<div dir="ltr"><div><div>Hi Jason,<br></div><div><br>I have two tips for configuring PETSc.<br></div><div><br></div>While I can't speak for all Cluster Computing, I know that many of the libraries you are attempting to link might require loading when logging into a cluster.<br><br></div>For example, here at MSI, one needs to call<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">module load mkl<br></blockquote><div>to load the intel math kernel library (which includes blas-lapack).<br><br></div><div>Since you are downloading blas-lapack, that example would not be necessary, but it may be for other libraries you are using. <br><br>Also I found I had to search manually for where the shared-libraries resided and explicitly tell PETSc where they live. For example, when I configure PETSc, I had to include options like<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div>./configure (. . .) --with-mpi-dir=/panfs/roc/itascasoft/openmpi/el6/1.7.2/intel-2013-update5<br></div></blockquote><div>to tell PETSc where openmpi lives. I had to do this for nearly all libraries I wished to link to PETSc.<br><br></div><div>Hope this helps!<br></div><div>-Scott Dossa <br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Sep 13, 2016 at 11:25 AM, Jason Hou <span dir="ltr"><<a href="mailto:jason.hou@ncsu.edu" target="_blank">jason.hou@ncsu.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:12.8px">Hi there,</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">I was trying to install MOOSE, which uses PETSc as the solver; however, I was stuck during the installation of PETSc. </div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><font face="monospace, monospace">[jhou8@rdfmg petsc-3.6.4]$ pwd</font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="monospace, monospace">/tmp/cluster_temp.FFxzAF/<wbr>petsc-3.6.4</font></div></div><div style="font-size:12.8px"><div><font face="courier new, monospace">[jhou8@rdfmg petsc-3.6.4]$ ./configure --prefix=$PETSC_DIR --download-hypre=1 --with-ssl=0 --with-debugging=1 --with-pic=1 --with-shared-libraries=1 --with-cc=mpicc --with-cxx=mpicxx --with-fc=mpif90 --download-fblaslapack=1 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --download-superlu_dist=1 --download-scalapack=1 --download-mumps=1 CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 F77=mpif77 F90=mpif90 CFLAGS='-fPIC -fopenmp' CXXFLAGS='-fPIC -fopenmp' FFLAGS='-fPIC -fopenmp' FCFLAGS='-fPIC -fopenmp' F90FLAGS='-fPIC -fopenmp' F77FLAGS='-fPIC -fopenmp' PETSC_DIR=`pwd`</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><font face="courier new, monospace">(sections removed) </font></div><div><font face="courier new, monospace"><br></font></div><div><span style="font-family:"courier new",monospace">==============================<wbr>==============================<wbr>===================                                                                                             Compiling and installing Scalapack; this may take several minutes                                                                                           ==============================<wbr>==============================<wbr>===================                                                                                       TESTING: check from config.libraries(config/BuildS<wbr>ystem/config/libraries.py:146)                                                                                   ******************************<wbr>******************************<wbr>*******************</span><br></div><div><font face="courier new, monospace">         UNABLE to CONFIGURE with GIVEN OPTIONS    (see configure.log for details):</font></div><div><font face="courier new, monospace">------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>-------------------</font></div><div><font face="courier new, monospace">Downloaded scalapack could not be used. Please check install in /cm/shared/modulefiles/moose-c<wbr>ompilers/petsc/petsc-3.6.4/gcc<wbr>-opt</font></div><div><font face="courier new, monospace">******************************<wbr>******************************<wbr>*******************</font></div></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Also attached is the configure.log file and I hope you could help me with that. Thank you in advance for your effort.</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Jason</div><div style="font-size:12.8px"><br></div></font></span></div>
</blockquote></div><br></div>