<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 9, 2016 at 9:49 AM, Mark Lohry <span dir="ltr"><<a href="mailto:mlohry@princeton.edu" target="_blank">mlohry@princeton.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Regarding DMPlex, I'm unclear on the separation between Index
      Sets and Plex for unstructured solvers. I've got an existing
      unstructured serial solver using petsc's newton-krylov</p></div></blockquote><div> Index Sets are lists of integers. They can mean whatever you want, but they are just lists.</div><div><br></div><div>Plex stores mesh topology and has topological query functions.</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><p>solvers.
      Should I be looking to parallelize this via IS or plex? Is there
      an interface for either that allows me to specify the partitioning
      (e.g. by metis' output)? Last but not least, is</p></div></blockquote><div>There is DMPlexDistribute() which partitions and distributes, or you can use DMPlexMigrates() if you want to calculate</div><div>your own partition for some reason. <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><p> there a working
      example of dmplex in the docs? The only unstructured code example
      I see in the docs is SNES ex10, which uses IS.</p></div></blockquote><div>SNES ex12, ex62, ex77 and TS ex11.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <p>Thanks,</p>
    <p>Mark<br>
    </p><div><div class="h5">
    <br>
    <div>On 09/09/2016 04:21 AM, Matthew Knepley
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div class="gmail_extra">
          <div class="gmail_quote">On Fri, Sep 9, 2016 at 4:04 AM,
            Morten Nobel-Jørgensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:mono@dtu.dk" target="_blank">mono@dtu.dk</a>></span> wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div>
                <div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">Dear
                  PETSc developers and users,<br>
                  <br>
                  Last week we posted a question regarding an error with
                  DMPlex and multiple dofs and have not gotten any
                  feedback yet. This is uncharted waters for us, since
                  we have gotten used to an extremely fast feedback from
                  the PETSc crew. So - with the chance of sounding
                  impatient and ungrateful - we would like to hear if
                  anybody has any ideas that could point us in the right
                  direction?<br>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
            <div><br>
            </div>
            <div>This is my fault. You have not gotten a response
              because everyone else was waiting for me, and I have been</div>
            <div>slow because I just moved houses at the same time as
              term started here. Sorry about that.</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>The example ran for me and I saw your problem. The
              local-tp-global map is missing for some reason.</div>
            <div>I am tracking it down now. It should be made by
              DMCreateMatrix(), so this is mysterious. I hope to have</div>
            <div>this fixed by early next week.</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>  Thanks,</div>
            <div><br>
            </div>
            <div>    Matt</div>
            <div> </div>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
              <div>
                <div style="direction:ltr;font-family:Tahoma;color:#000000;font-size:10pt">
                  We have created a small example problem that
                  demonstrates the error in the matrix assembly.<br>
                  <div><font size="1"><span style="font-size:13px"><font size="2"><br>
                          Thanks,<br>
                          Morten</font></span></font></div>
                  <div><font size="1"><span style="font-size:13px"><font size="2"><br>
                        </font></span></font></div>
                  <div><font size="1"><span style="font-size:13px"><font size="2"><br>
                        </font></span></font></div>
                </div>
              </div>
            </blockquote>
          </div>
          <br>
          <br clear="all">
          <div><br>
          </div>
          -- <br>
          <div data-smartmail="gmail_signature">What
            most experimenters take for granted before they begin their
            experiments is infinitely more interesting than any results
            to which their experiments lead.<br>
            -- Norbert Wiener</div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div></div></div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>