<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I'm very new to PETSC. I'm trying to solve a diffusion problem in 3D. I tried running a 500 x 500 x 500 grid using 20 processors but I encounter the following error:</div><div><br></div><div><p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0</span><span style="background-color:rgb(0,230,229)">]</span><span style="">PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Caught signal number 15 Terminate: Some process (or the batch system) has told this process to end</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#</a></span><span style="background-color:rgb(230,230,0)">valgrind</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: or try http://</span><span style="background-color:rgb(230,230,0)">valgrind</span><span style="">.org on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Caught signal number 15 Terminate: Some process (or the batch system) has told this process to end</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#</a></span><span style="background-color:rgb(230,230,0)">valgrind</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: or try http://</span><span style="background-color:rgb(230,230,0)">valgrind</span><span style="">.org on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR:       is given.</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] MatSetValues_SeqAIJ line 441 /home/paz/petsc-3.7.3/src/mat/impls/aij/seq/aij.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] MatSetValues line 1157 /home/paz/petsc-3.7.3/src/mat/interface/matrix.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] MatSetValuesLocal line 2019 /home/paz/petsc-3.7.3/src/mat/interface/matrix.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] DMCreateMatrix_DA_3d_MPIAIJ line 1036 /home/paz/petsc-3.7.3/src/dm/impls/da/fdda.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] DMCreateMatrix_DA line 625 /home/paz/petsc-3.7.3/src/dm/impls/da/fdda.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] DMCreateMatrix line 1171 /home/paz/petsc-3.7.3/src/dm/interface/dm.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] SNESSetUpMatrices line 579 /home/paz/petsc-3.7.3/src/snes/interface/snes.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] SNESSetUp_NEWTONLS line 303 /home/paz/petsc-3.7.3/src/snes/impls/ls/ls.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] SNESSetUp line 2661 /home/paz/petsc-3.7.3/src/snes/interface/snes.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: [0] SNESSolve line 3958 /home/paz/petsc-3.7.3/src/snes/interface/snes.c</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message --------------------------------------------------------------</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Signal received</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a> for trouble shooting.</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.7.3, Jul, 24, 2016</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: ./ex7 on a arch-linux2-c-debug named akagi by paz Tue Aug  9 16:01:17 2016</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: Configure options --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-fblaslapack --download-mpich --with-debugging</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[0]PETSC ERROR: #1 User provided function() line 0 in  unknown file</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">[unset]: aborting job:</span></p>
<p style="margin:0px;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo"><span style="">application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 59) - process 0</span></p></div><div><span style=""><br></span></div><div>  What does this mean? I am able to run the code successfully with a 300x300x300 grid size. I also tried using -malloc_debug and valgrind as suggested in the Debugging FAQ for a small grid size and the code comes out clean. Any help is much appreciated!</div><div><br></div><div><br></div><div>Thank you all for your time! Have a great day!</div><div><br></div><div><br></div><div>Athena</div></div>