<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 13, 2016 at 3:57 AM, Morten Nobel-Jørgensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:mono@dtu.dk" target="_blank">mono@dtu.dk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
I’m having problems distributing a simple FEM model using DMPlex. For test case I use 1x1x2 hex box elements (/cells) with 12 vertices. Each vertex has one DOF.</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
When I distribute the system to two processors, each get a single element and the local vector has the size 8 (one DOF for each vertex of a hex box) as expected.</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
<br>
</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
My problem is that when I manually assemble the global stiffness matrix (a 12x12 matrix) it seems like my ghost values are ignored. I’m sure that I’m missing something obvious but cannot see what it is.</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
<br>
</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
In the attached example, I’m assembling the global stiffness matrix using a simple local stiffness matrix of ones. This makes it very easy to see if the matrix is assembled correctly. If I run it on one process, then global stiffness matrix consists of 0’s,
 1’s and 2’s and its trace is 16.0. But if I run it distributed on on two, then it consists only of 0's and 1’s and its trace is 12.0.</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
<br>
</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
I hope that somebody can spot my mistake and help me in the right direction :)</div></div></blockquote><div><br></div><div>This is my fault, and Stefano Zampini had already tried to tell me this was broken. I normally use DMPlexMatSetClosure(), which handles global indices correctly.</div><div>I have fixed this in the branch</div><div><br></div><div>  knepley/fix-plex-l2g</div><div><br></div><div>which is also merged to 'next'. I am attaching a version of your sample where all objects are freed correctly. Let me know if that works for you.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
Kind regards,</div>
<div style="color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,sans-serif;font-size:14px">
Morten</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>