<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 12, 2016 at 3:35 AM, Ivano Barletta <span dir="ltr"><<a href="mailto:ibarletta@inogs.it" target="_blank">ibarletta@inogs.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Dear Petsc users<br><br></div>my aim is to parallelize the solution of a linear<br>system into a finite elements<br></div>ocean model.<br><br></div><div>The model has been almost entirely parallelized, with<br></div><div>a partitioning of the domain made element-wise through<br></div><div>the use of Zoltan libraries, so the subdomains<br></div><div>share the nodes lying on the edges.<br><br></div><div>The linear system includes node-to-node dependencies<br></div><div>so my guess is that I need to create an halo surrounding <br></div><div>each subdomain, to allow connections of edge nodes with<br></div><div>neighbour subdomains ones<br></div><div><br></div><div>Apart from that, my question is if Petsc accept a<br></div><div>previously made partitioning (maybe taking into account of halo)<br></div><div>using the data structures coming out of it<br></div><div><br></div><div>Has anybody of you ever faced a similar problem?<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>If all you want to do is construct a PETSc Mat and Vec for the linear system,</div><div>just give PETSc the non-overlapping partition to create those objects. You</div><div>can input values on off-process partitions automatically using MatSetValues()</div><div>and VecSetValues().</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div>Thanks in advance<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div>Ivano <br></div></font></span></div><br></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>