<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 5, 2016 at 4:17 AM, Morten Nobel-Jørgensen <span dir="ltr"><<a href="mailto:mono@dtu.dk" target="_blank">mono@dtu.dk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px">
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">Hi all, </div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">I hope someone can help me with the following:</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">I’m having some problems when exporting a distributed DMPlex – the cells (+cell types) seems to be duplicated.</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">When I’m running the code on a non-distributed system it works as expected, but when I run it on multiple processors (2 in my case) the output is invalid.</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">I have attached a simple example and the output for np=1 and np=2.</div></div></blockquote><div><br></div><div>The problem here is VTK output with overlapped meshes. If you change to overlap = 0, it works as expected. I never fixed the VTK output</div><div>for this, but the HDF5 output works correctly. I will put this on the list of things to do. I am attaching your code with some cleanup from me,</div><div>including assigning values in parallel.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;color:rgb(0,0,0);font-size:14px">
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">Abbreviated the code essentially does the following:</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">'</div>
<div>
<blockquote style="margin:0 0 0 40px;border:none;padding:0px">
<div><font face="Courier">PetscInt       dim         = 3;</font></div>
<div><font face="Courier">PetscInt       cells[]     = {1, 1, 2};</font></div>
<div><font face="Courier">PetscInt       overlap     = 1;</font></div>
<div><font face="Courier">PetscInitialize(&argc, &argv, NULL, help);</font></div>
<div><font face="Courier">DMPlexCreateHexBoxMesh(PETSC_COMM_WORLD, dim, cells, DM_BOUNDARY_NONE, DM_BOUNDARY_NONE, DM_BOUNDARY_NONE, &dm);</font></div>
<div><font face="Courier">DMPlexDistribute(dm, overlap, NULL, &dist);</font></div>
<div><font face="Courier">dm   = dist;</font></div>
<div><font face="Courier">SetupDOFs(dm);</font></div>
<div><font face="Courier">Vec V;</font></div>
<div><font face="Courier">DMCreateGlobalVector(dm, &V);</font></div>
<div><font face="Courier">AssignSomeValues(V);</font></div>
<div><font face="Courier">PetscViewer viewer;</font></div>
<div><font face="Courier">const char* fn = "output.vtk";</font></div>
<div><font face="Courier">PetscViewerVTKOpen(PETSC_COMM_WORLD,fn,FILE_MODE_WRITE,&viewer);</font></div>
<div><font face="Courier">VecView(V,viewer);</font></div>
<div><font face="Courier">PetscViewerDestroy(&viewer);</font></div>
</blockquote>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif"><br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">Kind regards,</div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif">Morten</div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>