<div dir="ltr">Re,<div><br></div><div>Makes sense to read the documentation, I will try with another preconditioners.</div><div><br></div><div>Thanks for the support.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-06-02 18:15 GMT+02:00 Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Thu, Jun 2, 2016 at 11:10 AM, neok m4700 <span dir="ltr"><<a href="mailto:neok.m4700@gmail.com" target="_blank">neok.m4700@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Satish,<div><br></div><div>Thanks for the correction.</div><div><br></div><div>The error message is now slightly different, but the result is the same (serial runs fine, parallel with mpirun fails with following error):</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Now the error is correct. You are asking to run ICC in parallel, which we do not support. It is telling you</div><div>to look at the table of available solvers.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div><div class="h5"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>[0] KSPSolve() line 599 in <...>/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div>[0] KSPSetUp() line 390 in <...>/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c</div><div>[0] PCSetUp() line 968 in <...>/src/ksp/pc/interface/precon.c</div><div>[0] PCSetUp_ICC() line 21 in<...>/src/ksp/pc/impls/factor/icc/icc.c</div><div>[0] MatGetFactor() line 4291 in <...>/src/mat/interface/matrix.c</div><div>[0] See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/linearsolvertable.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/linearsolvertable.html</a> for possible LU and Cholesky solvers</div><div>[0] Could not locate a solver package. Perhaps you must ./configure with --download-<package></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-06-02 17:58 GMT+02:00 Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">with petsc-master - you would have to use petsc4py-master.<br>
<br>
i.e try petsc-eab7b92 with petsc4py-6e8e093<br>
<span><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div><div><br>
<br>
On Thu, 2 Jun 2016, neok m4700 wrote:<br>
<br>
> Hi Matthew,<br>
><br>
> I've rebuilt petsc // petsc4py with following versions:<br>
><br>
> 3.7.0 // 3.7.0 => same runtime error<br>
> 00c67f3 // 3.7.1 => fails to build petsc4py (error below)<br>
> 00c67f3 // 6e8e093 => same as above<br>
> f1b0812 (latest commit) // 6e8e093 (latest commit) => same as above<br>
><br>
> In file included from src/PETSc.c:3:0:<br>
> src/petsc4py.PETSc.c: In function<br>
> ‘__pyx_pf_8petsc4py_5PETSc_6DMPlex_4createBoxMesh’:<br>
> src/petsc4py.PETSc.c:214629:112: error: incompatible type for argument 4 of<br>
> ‘DMPlexCreateBoxMesh’<br>
>    __pyx_t_4 =<br>
> __pyx_f_8petsc4py_5PETSc_CHKERR(DMPlexCreateBoxMesh(__pyx_v_ccomm,<br>
> __pyx_v_cdim, __pyx_v_interp, (&__pyx_v_newdm))); if (unlikely(__pyx_t_4 ==<br>
> -1)) __PYX_ERR(42, 49, __pyx_L1_error)<br>
><br>
> using<br>
> - numpy 1.11.0<br>
> - openblas 0.2.18<br>
> - openmpi 1.10.2<br>
><br>
> Thanks<br>
><br>
> 2016-06-02 16:39 GMT+02:00 Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>>:<br>
><br>
> > On Thu, Jun 2, 2016 at 9:12 AM, neok m4700 <<a href="mailto:neok.m4700@gmail.com" target="_blank">neok.m4700@gmail.com</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> Hi,<br>
> >><br>
> >> I built petsc 3.7.1 and petsc4py 3.7.0 (with openmpi 1.10.2) and ran the<br>
> >> examples in the demo directory.<br>
> >><br>
> ><br>
> > I believe this was fixed in 'master':<br>
> > <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/00c67f3b09c0bcda06af5ed306d845d9138e5003" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/00c67f3b09c0bcda06af5ed306d845d9138e5003</a><br>
> ><br>
> > Is it possible to try this?<br>
> ><br>
> >   Thanks,<br>
> ><br>
> >     Matt<br>
> ><br>
> ><br>
> >> $ python test_mat_ksp.py<br>
> >> => runs as expected (serial)<br>
> >><br>
> >> $ mpiexec -np 2 python test_mat_ksp.py<br>
> >> => fails with the following output:<br>
> >><br>
> >> Traceback (most recent call last):<br>
> >>   File "<...>/demo/kspsolve/test_mat_ksp.py", line 15, in <module><br>
> >>     execfile('petsc-ksp.py')<br>
> >>   File "<...>/demo/kspsolve/test_mat_ksp.py", line 6, in execfile<br>
> >>     try: exec(fh.read()+"\n", globals, locals)<br>
> >>   File "<string>", line 15, in <module><br>
> >>   File "PETSc/KSP.pyx", line 384, in petsc4py.PETSc.KSP.solve<br>
> >> (src/petsc4py.PETSc.c:153555)<br>
> >> petsc4py.PETSc.Error: error code 92<br>
> >> [0] KSPSolve() line 599 in <...>/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
> >> [0] KSPSetUp() line 390 in <...>/src/ksp/ksp/interface/itfunc.c<br>
> >> [0] PCSetUp() line 968 in <...>/src/ksp/pc/interface/precon.c<br>
> >> [0] PCSetUp_ICC() line 21 in <...>/src/ksp/pc/impls/factor/icc/icc.c<br>
> >> [0] MatGetFactor() line 4240 in<...>/src/mat/interface/matrix.c<br>
> >> [0] You cannot overwrite this option since that will conflict with other<br>
> >> previously set options<br>
> >> [0] Could not locate solver package (null). Perhaps you must ./configure<br>
> >> with --download-(null)<br>
> >><br>
> >> <...><br>
> >> -------------------------------------------------------<br>
> >> Primary job  terminated normally, but 1 process returned<br>
> >> a non-zero exit code.. Per user-direction, the job has been aborted.<br>
> >> -------------------------------------------------------<br>
> >> --------------------------------------------------------------------------<br>
> >> mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status,<br>
> >> thus causing<br>
> >> the job to be terminated. The first process to do so was:<br>
> >><br>
> >>   Process name: [[23110,1],0]<br>
> >>   Exit code:    1<br>
> >> --------------------------------------------------------------------------<br>
> >><br>
> >><br>
> >> What have I done wrong ?<br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> > experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> > experiments lead.<br>
> > -- Norbert Wiener<br>
> ><br>
><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>
</blockquote></div></div></div><div><div class="h5"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>