<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">Miorelli:</div><div class="gmail_quote">I can reproduce it. I'll fix it and get back to you.</div><div class="gmail_quote">Hong</div><div class="gmail_quote"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Dear All,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">I think there may be a bug in PETSc 3.7.0, function MatDuplicate_MPIAIJ_MatPtAP.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Whenever I call MatDuplicate on this type of matrix I'm getting SIGSEGV.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">The bug is easily reproduced with the attached file. This is just ex2f from KSP, where I added two additional lines to create an A^T A matrix which is then duplicated.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">      call MatTransposeMatMult(A, A, MAT_INITIAL_MATRIX, 1.d0, AtA, ierr)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">      call MatDuplicate(AtA,MAT_COPY_VALUES,AtA2,ierr)<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: or see <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html#valgrind</a><span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: or try <a href="http://valgrind.org" target="_blank">http://valgrind.org</a> on GNU/linux and Apple Mac OS X to find memory corruption errors<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------------<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[0]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[0]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[0]PETSC ERROR:       is given.<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: [1] MatDuplicate_MPIAIJ_MatPtAP line 78 /state/std2/FEMI/PETSc/petsc-3.7.0/src/mat/impls/aij/mpi/mpiptap.c<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal" style="text-autospace:none"><span style="font-size:10.0pt;font-family:Consolas">[1]PETSC ERROR: [1] MatDuplicate line 4324 /state/std2/FEMI/PETSc/petsc-3.7.0/src/mat/interface/matrix.c<span style="color:black;background:black"><u></u><u></u></span></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Thanks,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas">Federico<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-family:Consolas"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#0093d0">______</span></b><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#6a737b">
</span></b><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#8cc63f">______</span></b><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#6a737b">
</span></b><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#fcb034">______</span></b><b><span lang="IT" style="font-size:18.5pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#6a737b"><u></u><u></u></span></b></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="IT" style="color:#404040">Federico Miorelli</span><span lang="IT"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="IT" style="color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="IT" style="color:#1f497d">Senior R&D Geophysicist<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;color:#1f497d">Subsurface Imaging - General Geophysics
</span></b><b><span style="font-size:9.0pt;color:#1f497d">Italy</span></b><span style="font-size:8.0pt;color:#404040"><u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;color:#404040"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:8.0pt;color:#404040">CGG Electromagnetics (Italy) Srl<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><i><span lang="EN-GB" style="font-size:7.0pt;font-family:"Arial","sans-serif";color:#6a737b">This email and any accompanying attachments are confidential. If you received this email by mistake, please delete<br>
it from your system. Any review, disclosure, copying, distribution, or use of the email by others is strictly prohibited.<u></u><u></u></span></i></p>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>