<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Sun, Apr 24, 2016 at 10:12 AM, Wee-beng TAY <span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p>Hi Matt,</p>
<p>I have attached the page which explains what to modify to use
PETSc with the K computer.</p></div></blockquote><div>These changes are now in knepley/feature-configure-kcomputer, so you</div><div><br></div><div> cd $PETSC_DIR</div><div> git fetch</div><div> git checkout knepley/feature-configure-kcomputer</div><div> <follow configure instructions from your email></div><div><br></div><div> Thanks,</div><div><br></div><div> Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p>Thanks<br>
</p><div><div class="h5">
<p><br>
</p>
<br>
<div>On 24/4/2016 10:52 PM, Matthew Knepley
wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On Sun, Apr 24, 2016 at 4:14 AM,
Wee-beng TAY <span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span>
wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p>Hi,</p>
<p>I was recently given access to Japan's K computer.
I'm trying to compile PETSc on their sys, which uses
Fujitsu's compiler. There's a help file but it's in
Japanese. I guess I need to change some options to
make PETSc compile with Fujitsu's compiler. </p>
</div>
</blockquote>
<div>It looks like they want us to include some different
options for the build. If you send what you want,</div>
<div>I will make a branch for you to try out.</div>
<div><br>
</div>
<div> Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div> Matt <br>
</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
<p>Part of the help is below. So how should I use the
diff or some other command to do the correction? I
tried to run:</p>
<p> diff -u petsc-3.6.4/config/BuildSystem/config/<a href="http://package.py.org" target="_blank">package.py.org</a>
petsc-3.6.4/config/BuildSystem/config/package.py</p>
<p>but got the err:</p>
<p>diff: petsc-3.6.4/config/BuildSystem/config/<a href="http://package.py.org" target="_blank">package.py.org</a>: No such file or
directory</p>
<p>Please advice. Thanks.<br>
</p>
<p><br>
</p>
<div><i><code>$ diff -u petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/</code></i><i><code>package</code></i><i><code>.<a href="http://py.org" target="_blank">py.org</a> petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/</code></i><i><code>package</code></i><i><code>.py</code></i></div>
<div><i><code>--- petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/</code></i><i><code>package</code></i><i><code>.<a href="http://py.org" target="_blank">py.org</a> <span> </span></code></i><i><code>2015</code></i><i><code>-</code></i><i><code>12</code></i><i><code>-</code></i><i><code>04</code></i><i><span> </span></i><i><code>14</code></i><i><code>:</code></i><i><code>06</code></i><i><code>:</code></i><i><code>42.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>+++ petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/</code></i><i><code>package</code></i><i><code>.py <span> </span></code></i><i><code>2016</code></i><i><code>-</code></i><i><code>01</code></i><i><code>-</code></i><i><code>22</code></i><i><span> </span></i><i><code>11</code></i><i><code>:</code></i><i><code>09</code></i><i><code>:</code></i><i><code>37.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>@@ -</code></i><i><code>174</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>174</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>@@</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>return</code></i><i><span> </span></i><i><code>''</code></i></div>
<div><i> </i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>def
getSharedFlag(self,cflags):</code></i></div>
<div><i><code>- <span> </span></code></i><i><code>for</code></i><i><span> </span></i><i><code>flag
in [</code></i><i><code>'-PIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-fPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-KPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-qpic'</code></i><i><code>]:</code></i></div>
<div><i><code>+ <span> </span></code></i><i><code>for</code></i><i><span> </span></i><i><code>flag
in [</code></i><i><code>'-KPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-fPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-PIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-qpic'</code></i><i><code>]:</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>if</code></i><i><span> </span></i><i><code>cflags.find(flag)
>=</code></i><i><code>0</code></i><i><code>:<span> </span></code></i><i><code>return</code></i><i><span> </span></i><i><code>flag</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>return</code></i><i><span> </span></i><i><code>''</code></i></div>
<div><i><code> </code></i></div>
<div><i><code>$ diff -u petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/<a href="http://setCompilers.py.org" target="_blank">setCompilers.py.org</a> petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/setCompilers.py</code></i></div>
<div><i><code>--- petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/<a href="http://setCompilers.py.org" target="_blank">setCompilers.py.org</a> <span> </span></code></i><i><code>2015</code></i><i><code>-</code></i><i><code>07</code></i><i><code>-</code></i><i><code>23</code></i><i><span> </span></i><i><code>00</code></i><i><code>:</code></i><i><code>22</code></i><i><code>:</code></i><i><code>46.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>+++ petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/setCompilers.py <span> </span></code></i><i><code>2016</code></i><i><code>-</code></i><i><code>01</code></i><i><code>-</code></i><i><code>22</code></i><i><span> </span></i><i><code>11</code></i><i><code>:</code></i><i><code>10</code></i><i><code>:</code></i><i><code>05.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>@@ -</code></i><i><code>1017</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>1017</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>@@</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.pushLanguage(language)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>#different
compilers are sensitive to the order of testing
these flags. So separete out GCC test.</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>if</code></i><i><span> </span></i><i><code>config.setCompilers.Configure.isGNU(self.getCompiler()):
testFlags = [</code></i><i><code>'-fPIC'</code></i><i><code>]</code></i></div>
<div><i><code>- <span> </span></code></i><i><code>else</code></i><i><code>:
testFlags = [</code></i><i><code>'-PIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-fPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-KPIC'</code></i><i><code>,</code></i><i><code>'-qpic'</code></i><i><code>]</code></i></div>
<div><i><code>+ <span> </span></code></i><i><code>else</code></i><i><code>:
testFlags = [</code></i><i><code>'-KPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-fPIC'</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>'-PIC'</code></i><i><code>,</code></i><i><code>'-qpic'</code></i><i><code>]</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>for</code></i><i><span> </span></i><i><code>testFlag
in testFlags:</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>try</code></i><i><code>:</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.logPrint(</code></i><i><code>'Trying
'</code></i><i><code>+language+</code></i><i><code>'
compiler flag '</code></i><i><code>+testFlag)</code></i></div>
<div><i><code>$ diff -u petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/packages/<a href="http://openmp.py.org" target="_blank">openmp.py.org</a>
petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/packages/openmp.py</code></i></div>
<div><i><code>--- petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/packages/<a href="http://openmp.py.org" target="_blank">openmp.py.org</a> <span> </span></code></i><i><code>2016</code></i><i><code>-</code></i><i><code>01</code></i><i><code>-</code></i><i><code>25</code></i><i><span> </span></i><i><code>15</code></i><i><code>:</code></i><i><code>42</code></i><i><code>:</code></i><i><code>23.000000000</code></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>+++ petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/packages/openmp.py <span> </span></code></i><i><code>2016</code></i><i><code>-</code></i><i><code>01</code></i><i><code>-</code></i><i><code>22</code></i><i><span> </span></i><i><code>17</code></i><i><code>:</code></i><i><code>13</code></i><i><code>:</code></i><i><code>52.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>@@ -</code></i><i><code>19</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>19</code></i><i><code>,</code></i><i><code>8</code></i><i><span> </span></i><i><code>@@</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.found
=<span> </span></code></i><i><code>0</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.setCompilers.pushLanguage(</code></i><i><code>'C'</code></i><i><code>)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>#</code></i></div>
<div><i><code>- <span> </span></code></i><i><code>for</code></i><i><span> </span></i><i><code>flag
in [</code></i><i><code>"-fopenmp"</code></i><i><code>,
# Gnu</code></i></div>
<div><i><code>+ <span> </span></code></i><i><code>for</code></i><i><span> </span></i><i><code>flag
in [</code></i><i><code>"-Kopenmp"</code></i><i><code>,
# Fujitsu</code></i></div>
<div><i><code>+ <span> </span></code></i><i><code>"-fopenmp"</code></i><i><code>,
# Gnu</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>"-qsmp=omp"</code></i><i><code>,#
IBM XL C/C++</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>"-h
omp"</code></i><i><code>, # Cray. Must come
after XL because XL interprets<span> </span></code></i><i><code>this</code></i><i><span> </span></i><i><code>option
as meaning</code></i><i><code>"-soname omp"</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>"-mp"</code></i><i><code>,
# Portland Group</code></i></div>
<div><i> </i></div>
<div><i><code>$ diff -u
./petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/<a href="http://compilers.py.org" target="_blank">compilers.py.org</a>
./petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/compilers.py</code></i></div>
<div><i><code>--- ./petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/<a href="http://compilers.py.org" target="_blank">compilers.py.org</a> <span> </span></code></i><i><code>2015</code></i><i><code>-</code></i><i><code>06</code></i><i><code>-</code></i><i><code>10</code></i><i><span> </span></i><i><code>06</code></i><i><code>:</code></i><i><code>24</code></i><i><code>:</code></i><i><code>49.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>+++ ./petsc-</code></i><i><code>3.6</code></i><i><code>.</code></i><i><code>3</code></i><i><code>/config/BuildSystem/config/compilers.py <span> </span></code></i><i><code>2016</code></i><i><code>-</code></i><i><code>02</code></i><i><code>-</code></i><i><code>19</code></i><i><span> </span></i><i><code>11</code></i><i><code>:</code></i><i><code>56</code></i><i><code>:</code></i><i><code>12.000000000</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>0900</code></i></div>
<div><i><code>@@ -</code></i><i><code>164</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>164</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>@@</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>def
checkCLibraries(self):</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>''</code></i><i><code>'Determines
the libraries needed to link with C'</code></i><i><code>''</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>oldFlags
= self.setCompilers.LDFLAGS</code></i></div>
<div><i><code>-
self.setCompilers.LDFLAGS +=<span> </span></code></i><i><code>'
-v'</code></i></div>
<div><i><code>+
self.setCompilers.LDFLAGS +=<span> </span></code></i><i><code>'
-###'</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.pushLanguage(</code></i><i><code>'C'</code></i><i><code>)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>(output,
returnCode) = self.outputLink(</code></i><i><code>''</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>''</code></i><i><code>)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.setCompilers.LDFLAGS
= oldFlags</code></i></div>
<div><i><code>@@ -</code></i><i><code>413</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>+</code></i><i><code>413</code></i><i><code>,</code></i><i><code>7</code></i><i><span> </span></i><i><code>@@</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>def
checkCxxLibraries(self):</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>''</code></i><i><code>'Determines
the libraries needed to link with C++'</code></i><i><code>''</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>oldFlags
= self.setCompilers.LDFLAGS</code></i></div>
<div><i><code>-
self.setCompilers.LDFLAGS +=<span> </span></code></i><i><code>'
-v'</code></i></div>
<div><i><code>+
self.setCompilers.LDFLAGS +=<span> </span></code></i><i><code>'
-###'</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.pushLanguage(</code></i><i><code>'Cxx'</code></i><i><code>)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>(output,
returnCode) = self.outputLink(</code></i><i><code>''</code></i><i><code>,<span> </span></code></i><i><code>''</code></i><i><code>)</code></i></div>
<div><i><code> </code></i><i><code>self.setCompilers.LDFLAGS
= oldFlags</code></i></div>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
<p><br>
</p>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div>What most experimenters take for
granted before they begin their experiments is infinitely
more interesting than any results to which their experiments
lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
</div>
</div>
</blockquote>
<br>
</div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>