<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Mar 16, 2016 at 8:23 AM, Smith, Kevin R. <span dir="ltr"><<a href="mailto:Kevin.R.Smith@jhuapl.edu" target="_blank">Kevin.R.Smith@jhuapl.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Barry - I need to avoid dynamic allocation because it results in too much of a slowdown.<br>
Matt - The MatSetType thing did not work for some reason. It seems like PETSc wants me to set the preallocation after calling this method (suggested by the error below). I'm trying to reuse the original block of preallocated memory for the sparse matrix and blow away the structure each time. This would let me avoid repeated deallocate/allocate calls throughout my simulation.<br></blockquote><div><br></div><div>We need to understand the use case better. How can you guarantee that your new matrix will</div><div>fit in the old matrix memroy? If you cannot, then we have to reallocate anyway.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
PETSc Function: MatGetOwnershipRange<br>
 PETSc File: /share/maul-data/smithkr1/src/petsc-3.6.0/src/mat/interface/matrix.c<br>
 PETSc Line: 6289<br>
 PETSc Error Code: 73<br>
 PETSc Error reference: <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-dev/include/petscerror.h.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-dev/include/petscerror.h.html</a><br>
 PETSc Message: Must call MatXXXSetPreallocation() or MatSetUp() on argument 1 "mat" before MatGetOwnershipRange()<br>
<br>
Kind regards,<br>
 Kevin<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: Barry Smith [mailto:<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>]<br>
Sent: Tuesday, March 15, 2016 2:02 PM<br>
To: Smith, Kevin R.<br>
Cc: Matthew Knepley; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
Subject: Re: [petsc-users] Matrix reuse with changing structure<br>
<br>
<br>
> On Mar 15, 2016, at 12:56 PM, Smith, Kevin R. <<a href="mailto:Kevin.R.Smith@jhuapl.edu">Kevin.R.Smith@jhuapl.edu</a>> wrote:<br>
><br>
><br>
> Barry - Yeah, I suspected it was doing this. In my original implementation I would get allocation errors.<br>
<br>
   You need to call a MatSetOption() to tell the matrix that it is allowed to allocate new nonzeros.<br>
<br>
<br>
><br>
> Matt - Thanks, I will try this solution out.<br>
><br>
> Thanks for your help,<br>
><br>
>  Kevin<br>
><br>
> -----Original Message-----<br>
> From: Barry Smith [mailto:<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov">bsmith@mcs.anl.gov</a>]<br>
> Sent: Tuesday, March 15, 2016 1:48 PM<br>
> To: Matthew Knepley<br>
> Cc: Smith, Kevin R.; <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
> Subject: Re: [petsc-users] Matrix reuse with changing structure<br>
><br>
><br>
>> On Mar 15, 2016, at 12:28 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
>><br>
>> On Tue, Mar 15, 2016 at 12:24 PM, Smith, Kevin R. <<a href="mailto:Kevin.R.Smith@jhuapl.edu">Kevin.R.Smith@jhuapl.edu</a>> wrote:<br>
>> Hello,<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Is it possible to reuse a sparse matrix and not reuse its non-zero structure?   I have a matrix whose sparse structure changes each time. I’m hoping to avoid destroying and allocating new matrices each time the structure changes.<br>
><br>
>   Sure you can just add new nonzero locations at a later time. But it won't take out any current entries even if they are zero. So effectively the nonzero structure grows over time.<br>
><br>
>   Barry<br>
><br>
>><br>
>><br>
>> Hmm, I can't find a toplevel API that does this (it would be something like MatReset()). You can get this effect using<br>
>><br>
>>  MatSetType(A, MATSHELL)<br>
>>  MatSetType(A, <type you had before>)<br>
>><br>
>> A little messy but it will work.<br>
>><br>
>>  Thanks,<br>
>><br>
>>     Matt<br>
>><br>
>><br>
>><br>
>> Thanks,<br>
>><br>
>>  Kevin<br>
>><br>
>><br>
>><br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">>><br>
>> --<br>
>> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
>> -- Norbert Wiener<br>
><br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>