<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jan 29, 2016 at 11:22 AM, Bishesh Khanal <span dir="ltr"><<a href="mailto:bisheshkh@gmail.com" target="_blank">bisheshkh@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello,<br></div>I installed petsc today in our new cluster environment, everything looked fine except for several mpi related deprecated function warnings such as below:<br><div><div><br>/data/asclepios/user/bkhanal/softwares/petsc/src/sys/objects/pname.c: In function ‘PetscErrorCode PetscObjectName(PetscObject)’:<br>/data/asclepios/user/bkhanal/softwares/petsc/src/sys/objects/pname.c:128:12: warning: ‘int MPI_Attr_get(MPI_Comm, int, void*, int*)’ is deprecated (declared at /opt/openmpi/gcc/current/include/mpi.h:1227): MPI_Attr_get is superseded by MPI_Comm_get_attr in MPI-2.0 [-Wdeprecated-declarations]<br>     ierr = MPI_Attr_get(obj->comm,Petsc_Counter_keyval,(void*)&counter,&flg);CHKERRQ(ierr);<br>    <br><br></div><div>When I ran make test after installation, I got the following results:<br><br>Running test examples to verify correct installation<br>Using PETSC_DIR=/data/asclepios/user/bkhanal/softwares/petscInstalledDebug and PETSC_ARCH=<br>Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 1 MPI process<br>See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>No protocol specified<br>No protocol specified<br>lid velocity = 0.0016, prandtl # = 1, grashof # = 1<br>Number of SNES iterations = 2<br>Possible error running C/C++ src/snes/examples/tutorials/ex19 with 2 MPI processes<br>See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>No protocol specified<br>No protocol specified<br>lid velocity = 0.0016, prandtl # = 1, grashof # = 1<br>Number of SNES iterations = 2<br>Possible error running Fortran example src/snes/examples/tutorials/ex5f with 1 MPI process<br>See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a><br>No protocol specified<br>No protocol specified<br>Number of SNES iterations =     4<br>Completed test examples<br>=========================================<br><br></div><div>I also tested one of my  codes with  this new setup. It seems to give me correct results but the output also displays No protocol specified (twice). <br></div><div><br>Is this a mere warning or should I worry about it ?<br></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>It looks like it is connected to your MPI configuration on this machine:</div><div><br></div><div>  <a href="https://www-auth.cs.wisc.edu/lists/htcondor-users/2013-March/msg00022.shtml">https://www-auth.cs.wisc.edu/lists/htcondor-users/2013-March/msg00022.shtml</a></div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div></div><div>Thanks,<br></div><div>Bishesh<br></div></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>