<div dir="ltr">Thanks Satish, this worked.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jan 13, 2016 at 9:49 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">>>>>>>>><br>
Executing: mpif90  -o /var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest    /var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest.o<br>
Testing executable /var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest to see if it can be run<br>
Executing: /var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest<br>
Executing: /var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest<br>
ERROR while running executable: Could not execute "/var/folders/sw/67cq0mmx43g93vrb5xkf1j7c0000gn/T/petsc-2z06LS/config.setCompilers/conftest":<br>
dyld: Library not loaded: /Users/markadams/homebrew/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.4.0/4.9.1/libgfortran.3.dylib<br>
  Referenced from: /Users/markadams/homebrew/lib/libmpifort.12.dylib<br>
  Reason: image not found<br>
<<<<<<<<<<<<br>
<br>
Mostlikely you haven't reinstalled mpich - as its refering to gfortran-4.9.1. Current gfortran is 5.3<br>
GNU Fortran (Homebrew gcc 5.3.0) 5.3.0<br>
<br>
<br>
This is what I would do to reinstall brew<br>
<br>
1. Make list of pkgs to reinstall<br>
<br>
brew leaves > reinstall.lst<br>
<br>
2. delete all installed brew pacakges.<br>
<br>
brew cleanup<br>
brew list > delete.lst<br>
brew remove `cat delete.lst<br>
<br>
3. Now reinstall all required packages<br>
brew update<br>
brew install `cat reinstall.lst`<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
On Wed, 13 Jan 2016, Mark Adams wrote:<br>
<br>
> I'm still having problems.  I have upgraded gcc and mpich. I am now<br>
> upgrading everything from homebrew.  Any ideas on this error?<br>
> thanks,<br>
><br>
> On Wed, Jan 13, 2016 at 2:15 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> > On Tue, Jan 12, 2016 at 6:31 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> > 'file' object has no attribute 'getvalue'  File<br>
> >> "/Users/markadams/Codes/petsc/config/configure.py", line 363, in<br>
> >> petsc_configure<br>
> >><br>
> >> Hm - have to figure this one out - but the primary issue is:<br>
> >><br>
> >> > stderr:<br>
> >> > gfortran: warning: couldn't understand kern.osversion '15.2.0<br>
> >> > ld: -rpath can only be used when targeting Mac OS X 10.5 or later<br>
> >><br>
> ><br>
> > I get this. The remedy I use is to put<br>
> ><br>
> >   MACOSX_DEPLOYMENT_TARGET=10.5<br>
> ><br>
> > in the environment. Its annoying, and quintessentially Mac.<br>
> ><br>
> >   Matt<br>
> ><br>
> ><br>
> >> Perhaps you've updated xcode or OSX - but did not reinstall brew/gfortran.<br>
> >><br>
> >> > Executing: mpif90 --version<br>
> >> > stdout:<br>
> >> > GNU Fortran (Homebrew gcc 4.9.1) 4.9.1<br>
> >><br>
> >> I suggest uninstalling/reinstalling homebrew packages.<br>
> >><br>
> >> Satish<br>
> >><br>
> >><br>
> >><br>
> >> On Tue, 12 Jan 2016, Mark Adams wrote:<br>
> >><br>
> >> > I did nuke the arch directory.  This has worked in the past and don't<br>
> >> know<br>
> >> > what I might have changed.  it's been awhile since I've reconfigured.<br>
> >> > Thanks,<br>
> >> > Mark<br>
> >> ><br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> > experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> > experiments lead.<br>
> > -- Norbert Wiener<br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>