<div dir="ltr"><div><span style="font-size:13px">> Message: 2</span><br></div><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">Date: Fri, 18 Dec 2015 08:21:04 -0800</span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">From: Justin Chang <</span><a href="mailto:jychang48@gmail.com" style="font-size:13px">jychang48@gmail.com</a><span style="font-size:13px">></span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">To: petsc-users <</span><a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" style="font-size:13px">petsc-users@mcs.anl.gov</a><span style="font-size:13px">></span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">Subject: [petsc-users] Status on parallel mesh reader in DMPlex</span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">Message-ID:</span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px"> </span><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">       <CAP2=</span><a href="mailto:TMieF8JrASDDXURxz92Z25E43oOXxLR%2BY1oqFSDHfAXoeg@mail.gmail.com" style="font-size:13px">TMieF8JrASDDXURxz92Z25E43oOXxLR+Y1oqFSDHfAXoeg@mail.gmail.com</a><span style="font-size:13px">></span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">> </span><span style="font-size:13px">Content-Type: text/plain; charset="utf-8"</span><br style="font-size:13px"><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">> </span><span style="font-size:13px">Hi all,</span><br style="font-size:13px"><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">What's the status on the implementation of the parallel</span><div><br></div><div>I am actually developing a parallel loader. The loader has two steps:</div><div><br></div><div>(1) Use 1 core or several cores to read a sequential  mesh, and partition it into $np$ parts using a partitioner, $np$ is the number of cores you want to use to do a simulation. Usually, $np$ is large, for example, 10,000 cores. And then we write the partitioned data into the file system as a HDF5 file.</div><div><br></div><div>(2) Load the partitioned data (HDF5 file) into $np$ cores in parallel. </div><div><br></div><div>This idea works pretty well for me at this point.  But, this loader is not compatible with DMPlex now. However, I could change the code somehow, If this idea is acceptable.</div><div><br></div><div>You could also implement it by yourself. It is not too bad.</div><div><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">></span><span style="font-size:13px">mesh reader/generator for DMPlex meshes? Is anyone actively working on</span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">> </span><span style="font-size:13px">this? If so is there a branch that I can peek into?</span></div><div><br></div><div>Parallel generator is highly nontrivial, I think. It is a very hard topic. <br style="font-size:13px"><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">> </span><span style="font-size:13px">Thanks,</span><br style="font-size:13px"><span style="font-size:13px">> </span><span style="font-size:13px">Justin</span><br></div></div>