<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif">On Sun, Nov 29, 2015 at 2:09 PM, Satish Balay </span><span dir="ltr" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif"> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><br>Namu, Can you try using:<br><br>--with-mpi-dir=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0<br><br>[in place of options: "--CC=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpicc --CXX=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpicxx --FC=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpif90" ]</blockquote><div><br></div><div>This works, thanks.  </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 29, 2015 at 2:09 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Ok - I see the issue now.<br>
<br>
We are using --with-mpi-root option with sundials.<br>
<br>
However - configure is not able to determine this - when configured<br>
with CC=/path/to/mpicc<br>
<br>
sundials.py looks complicated enough - just to work arround this<br>
mpi/non-mpi compiler issue of sundials.<br>
<br>
But perhaps we should always add -with-mpicc - as you suggest<br>
[and get rid of --with-mpi-root stuff? - I'm not sure if that would work]<br>
<br>
Namu, Can you try using:<br>
<br>
--with-mpi-dir=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0<br>
<br>
[in place of options: "--CC=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpicc --CXX=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpicxx --FC=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/bin/mpif90" ]<br>
<span class=""><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class=""><div class="h5"><br>
On Sun, 29 Nov 2015, Matthew Knepley wrote:<br>
<br>
> On Sun, Nov 29, 2015 at 11:50 AM, namu patel <<a href="mailto:namu.patel7@gmail.com">namu.patel7@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> > Attached is my configuration log file.<br>
> ><br>
><br>
> Satish, the idiotic Sundials configure cannot find mpicc even when its<br>
> passed in as the C compiler:<br>
><br>
> MPI-C Settings<br>
> --------------<br>
> checking if using MPI-C script... yes<br>
> checking if absolute path to mpicc was given... no<br>
> checking for mpicc... none<br>
>    Unable to find a functional MPI-C compiler.<br>
>    Try using --with-mpicc to specify a MPI-C compiler script,<br>
>    --with-mpi-incdir, --with-mpi-libdir and --with-mpi-libs<br>
>    to specify the locations of all relevant MPI files, or<br>
>    --with-mpi-root to specify the base installation directory<br>
>    of the MPI implementation to be used.<br>
>    Disabling the parallel NVECTOR module and all parallel examples...<br>
><br>
> Do we have to give -with-mpicc as an argument?<br>
><br>
>   Thanks,<br>
><br>
>      Matt<br>
><br>
><br>
> > Thanks,<br>
> > Namu<br>
> ><br>
> > On Sun, Nov 29, 2015 at 11:48 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
> > wrote:<br>
> ><br>
> >> You must send configure.log<br>
> >><br>
> >>   Thanks,<br>
> >><br>
> >>     Matt<br>
> >><br>
> >> On Sun, Nov 29, 2015 at 11:42 AM, namu patel <<a href="mailto:namu.patel7@gmail.com">namu.patel7@gmail.com</a>><br>
> >> wrote:<br>
> >><br>
> >>> Hello All,<br>
> >>><br>
> >>> I was trying to configure PETSc with SUNDIALS so that I may use PVODE to<br>
> >>> solve a stiff hyperbolic PDE of the form<br>
> >>><br>
> >>> A(x) u_tt = K [B(x) u_x - F(x, u, u_x, t)]_x ,  t > 0,  0 < x < L ,<br>
> >>> u_x(0, t) = u_x(L, t) = 0 ,<br>
> >>> u(x, 0) = u_t(x, 0) = 0 ,<br>
> >>><br>
> >>> where K >> 1. I was reading around to see what may be a good numerical<br>
> >>> implementation for such a problem and it can be tricky here because the<br>
> >>> stiffness is both in the linear part and the nonlinear forcing term.<br>
> >>><br>
> >>> I want to try PVODE availble in the SUNDIALS package. When I try to<br>
> >>> configure PETSc with SUNDIALS, I get the message:<br>
> >>><br>
> >>> Downloaded sundials could not be used. Please check install in<br>
> >>> /Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/linux-dbg<br>
> >>><br>
> >>><br>
> >>> *******************************************************************************<br>
> >>><br>
> >>>   File "./config/configure.py", line 363, in petsc_configure<br>
> >>><br>
> >>>     framework.configure(out = sys.stdout)<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>> line 1081, in configure<br>
> >>><br>
> >>>     self.processChildren()<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>> line 1070, in processChildren<br>
> >>><br>
> >>>     self.serialEvaluation(self.childGraph)<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>> line 1051, in serialEvaluation<br>
> >>><br>
> >>>     child.configure()<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>> line 677, in configure<br>
> >>><br>
> >>>     self.executeTest(self.configureLibrary)<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/base.py",<br>
> >>> line 126, in executeTest<br>
> >>><br>
> >>>     ret = test(*args,**kargs)<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>> line 592, in configureLibrary<br>
> >>><br>
> >>>     for location, directory, lib, incl in self.generateGuesses():<br>
> >>><br>
> >>>   File<br>
> >>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>> line 332, in generateGuesses<br>
> >>><br>
> >>>     raise RuntimeError('Downloaded '+self.package+' could not be used.<br>
> >>> Please check install in '+d+'\n')<br>
> >>><br>
> >>> Two questions:<br>
> >>><br>
> >>> 1. How can I resolve the above error?<br>
> >>><br>
> >>> 2. Are there any recommendations to solving the stiff PDE stated above<br>
> >>> so that I can experiment to see what may be an efficient implementation?<br>
> >>><br>
> >>> Thank you,<br>
> >>><br>
> >>> Namu<br>
> >>><br>
> >>><br>
> >>><br>
> >><br>
> >><br>
> >> --<br>
> >> What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> >> experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> >> experiments lead.<br>
> >> -- Norbert Wiener<br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
><br>
><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>