<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(11,83,148)">Same error with PETSc 3.6.2 when I use</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(11,83,148)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px">export LD_LIBRARY_PATH=/Users/</span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px">namupatel/Softwares/OpenMPI/1.</span><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px">10.0/lib</span><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(11,83,148)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Nov 29, 2015 at 12:29 PM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">> --LDFLAGS="-L/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/lib -Wl,-rpath,/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/lib"<br>
<br>
Try:<br>
<br>
export LD_LIBRARY_PATH=/Users/namupatel/Softwares/OpenMPI/1.10.0/lib<br>
<br>
And then rerun configure<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Sun, 29 Nov 2015, namu patel wrote:<br>
<br>
> I didn't try the --with-mpicc flag, however, the configuration is<br>
> successful for PETSc 3.5.4.<br>
><br>
> On Sun, Nov 29, 2015 at 11:56 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
><br>
> > On Sun, Nov 29, 2015 at 11:50 AM, namu patel <<a href="mailto:namu.patel7@gmail.com">namu.patel7@gmail.com</a>><br>
> > wrote:<br>
> ><br>
> >> Attached is my configuration log file.<br>
> >><br>
> ><br>
> > Satish, the idiotic Sundials configure cannot find mpicc even when its<br>
> > passed in as the C compiler:<br>
> ><br>
> > MPI-C Settings<br>
> > --------------<br>
> > checking if using MPI-C script... yes<br>
> > checking if absolute path to mpicc was given... no<br>
> > checking for mpicc... none<br>
> >    Unable to find a functional MPI-C compiler.<br>
> >    Try using --with-mpicc to specify a MPI-C compiler script,<br>
> >    --with-mpi-incdir, --with-mpi-libdir and --with-mpi-libs<br>
> >    to specify the locations of all relevant MPI files, or<br>
> >    --with-mpi-root to specify the base installation directory<br>
> >    of the MPI implementation to be used.<br>
> >    Disabling the parallel NVECTOR module and all parallel examples...<br>
> ><br>
> > Do we have to give -with-mpicc as an argument?<br>
> ><br>
> >   Thanks,<br>
> ><br>
> >      Matt<br>
> ><br>
> ><br>
> >> Thanks,<br>
> >> Namu<br>
> >><br>
> >> On Sun, Nov 29, 2015 at 11:48 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
> >> wrote:<br>
> >><br>
> >>> You must send configure.log<br>
> >>><br>
> >>>   Thanks,<br>
> >>><br>
> >>>     Matt<br>
> >>><br>
> >>> On Sun, Nov 29, 2015 at 11:42 AM, namu patel <<a href="mailto:namu.patel7@gmail.com">namu.patel7@gmail.com</a>><br>
> >>> wrote:<br>
> >>><br>
> >>>> Hello All,<br>
> >>>><br>
> >>>> I was trying to configure PETSc with SUNDIALS so that I may use PVODE<br>
> >>>> to solve a stiff hyperbolic PDE of the form<br>
> >>>><br>
> >>>> A(x) u_tt = K [B(x) u_x - F(x, u, u_x, t)]_x ,  t > 0,  0 < x < L ,<br>
> >>>> u_x(0, t) = u_x(L, t) = 0 ,<br>
> >>>> u(x, 0) = u_t(x, 0) = 0 ,<br>
> >>>><br>
> >>>> where K >> 1. I was reading around to see what may be a good numerical<br>
> >>>> implementation for such a problem and it can be tricky here because the<br>
> >>>> stiffness is both in the linear part and the nonlinear forcing term.<br>
> >>>><br>
> >>>> I want to try PVODE availble in the SUNDIALS package. When I try to<br>
> >>>> configure PETSc with SUNDIALS, I get the message:<br>
> >>>><br>
> >>>> Downloaded sundials could not be used. Please check install in<br>
> >>>> /Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/linux-dbg<br>
> >>>><br>
> >>>><br>
> >>>> *******************************************************************************<br>
> >>>><br>
> >>>>   File "./config/configure.py", line 363, in petsc_configure<br>
> >>>><br>
> >>>>     framework.configure(out = sys.stdout)<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>>> line 1081, in configure<br>
> >>>><br>
> >>>>     self.processChildren()<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>>> line 1070, in processChildren<br>
> >>>><br>
> >>>>     self.serialEvaluation(self.childGraph)<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/framework.py",<br>
> >>>> line 1051, in serialEvaluation<br>
> >>>><br>
> >>>>     child.configure()<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>>> line 677, in configure<br>
> >>>><br>
> >>>>     self.executeTest(self.configureLibrary)<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/base.py",<br>
> >>>> line 126, in executeTest<br>
> >>>><br>
> >>>>     ret = test(*args,**kargs)<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>>> line 592, in configureLibrary<br>
> >>>><br>
> >>>>     for location, directory, lib, incl in self.generateGuesses():<br>
> >>>><br>
> >>>>   File<br>
> >>>> "/Users/namupatel/Softwares/PETSc/3.6.2/config/BuildSystem/config/package.py",<br>
> >>>> line 332, in generateGuesses<br>
> >>>><br>
> >>>>     raise RuntimeError('Downloaded '+self.package+' could not be used.<br>
> >>>> Please check install in '+d+'\n')<br>
> >>>><br>
> >>>> Two questions:<br>
> >>>><br>
> >>>> 1. How can I resolve the above error?<br>
> >>>><br>
> >>>> 2. Are there any recommendations to solving the stiff PDE stated above<br>
> >>>> so that I can experiment to see what may be an efficient implementation?<br>
> >>>><br>
> >>>> Thank you,<br>
> >>>><br>
> >>>> Namu<br>
> >>>><br>
> >>>><br>
> >>>><br>
> >>><br>
> >>><br>
> >>> --<br>
> >>> What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> >>> experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> >>> experiments lead.<br>
> >>> -- Norbert Wiener<br>
> >>><br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
> ><br>
> > --<br>
> > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> > experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> > experiments lead.<br>
> > -- Norbert Wiener<br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>