<div dir="ltr">Hey Mike,<br><br><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 21 October 2015 at 18:01, Afanasiev  Michael <span dir="ltr"><<a href="mailto:michael.afanasiev@erdw.ethz.ch" target="_blank">michael.afanasiev@erdw.ethz.ch</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hey Dave,
<div><br>
</div>
<div>So I’ve got a couple of days where there’s nothing pressing to work on… was thinking of ripping out the parallel routines (ugly) in my wave propagation code and replacing them with Petsc DM routines. I can read in my exodusii mesh with DMPLEX,
 and partition it with chaco, which gives me a nicely partitioned DM. This takes me like 5 lines of code.  That’s amazing.</div>
<div><br>
</div>
<div>But here I’m stuck, and am having a whale of a time with the documentation. All I
<i>think</i> I need is a way to modify the exodus-created DM, and add to it the degrees of freedom that are introduced by my quadrature rule. This would be really neat. I can just treat each sub-domain as its own mesh, with its own global numbering.
 Then whenever necessary I can scatter stuff the the <i>real</i> global degrees of freedom with something like VecLocToGlob. Most of the things I like about the code could stay the same (element-wise, matrix-free nature), just these parallel broadcasts
 would be infinitely nicer.</div>
<div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>First off - I don't use DMPLEX.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>
</div>
<div>But I just can’t figure out how to set this up. The main problem really boils down to: what’s the best way to add my quadrature points to an already-created DM, which was constructed with an exodus file? I guess I could do this after the file
 is read, but before the partitioning. In this case though, what’s stopping the partitioner from cutting an element in half? It seems like it would be a lot cleaner to do this post-partitioning.</div>
<div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>Presumably what is read from exodus is just the vertices of the hexes, and what you want to do is define the function space (given by your GLL locations) on top of element geometry read in. Is that what you are asking about?<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div>
</div>
<div>Any hints here?</div></div></blockquote><div><br></div><div>Actually I have no experience with this object.<br>I would just send an email to <br></div><div>  <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br></div><div>asking for help.<br></div><div> <br></div><div>The developer of DMPLEX (Matt Knepley) will definitely answer within in 1 day.<br></div><div><br></div><div>Cheers,<br></div><div>  Dave<br></div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">
<div><br>
</div>
<div>Best,</div>
<div>Mike.<br>
<div>--<br>
Michael Afanasiev<br>
Ph.D. Candidate<br>
Computational Seismology<br>
Institut für Geophysik<br>
ETH Zürich<br>
<br>
Sonneggstrasse 5, NO H 39.2<br>
CH 8092 Zürich<br>
<a href="mailto:michael.afanasiev@erdw.ethz.ch" target="_blank">michael.afanasiev@erdw.ethz.ch</a><br>
</div>
<br>
</div>
</div>

</blockquote></div><br></div></div>