<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Thu, Oct 15, 2015 at 8:55 AM, Xiao, Jianjun (IKET) <span dir="ltr"><<a href="mailto:jianjun.xiao@kit.edu" target="_blank">jianjun.xiao@kit.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<p>Matt,</p>
<p><br>
</p>
<p>Yes. I would like to try. Where should I start?</p></div></blockquote><div>I would take a small 2D problem that you care about and try to make an equivalent Plex code to the DMDA code.</div><div><br></div><div>I think it will be slower than DMDA, but trying a simple thing does not hurt.</div><div><br></div><div>I can make you a simple 2D lattice in Plex.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>    Matt</div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#ffffff;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif">
<div style="color:rgb(33,33,33)">
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Thursday, October 15, 2015 3:43 PM<br>
<b>To:</b> Barry Smith<br>
<b>Cc:</b> Xiao, Jianjun (IKET); <a href="mailto:petsc-users@mcs.anl.gov" target="_blank">petsc-users@mcs.anl.gov</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [petsc-users] Load balancing problem with DMDA</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">
<div class="gmail_extra">
<div class="gmail_quote">On Wed, Oct 14, 2015 at 3:32 PM, Barry Smith <span dir="ltr">
<<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span><br>
> On Oct 14, 2015, at 3:11 PM, Xiao, Jianjun (IKET) <<a href="mailto:jianjun.xiao@kit.edu" target="_blank">jianjun.xiao@kit.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hello,<br>
><br>
> We have a finite volume code with structured grid. We use the DMDA data structure.<br>
><br>
> Now we have the load balancing problem as shown in the attached picture. The domain is decomposed into 4 partitions. The sub-domain in black (proc 2) is solid which is of no interest. We would like to calculate only the fluid part in proc 1, 3 and 4 which
 means the resource in proc 2 is wasted. Does DMDA now support multi-block with communication between blocks? I mean I build block 1 and assign to proc1, block 2 to proc 3 and block 3 to proc 4. So the solid sub-domain does not exist. Any suggestion?<br>
<br>
</span>No<br>
<span><br>
><br>
> Or I have to do it using DMPLEX? Since data structure of the whole code  is based on  DMDA, is there any "simple way" to switch from DMDA to DMPLEX without changing the loop structure in the code?<br>
<br>
</span>  No<br>
<br>
  DMDA is for simple structured grids.</blockquote>
<div><br>
</div>
<div>Using Plex would be some work since no one has ever used it to do FD. In fact, now I think the way to do this</div>
<div>is to only represent the vertices and edges. I would help you if you want to experiment with that.</div>
<div><br>
</div>
<div>  Thanks,</div>
<div><br>
</div>
<div>     Matt</div>
<div> </div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<span><br>
><br>
> Thank you.<br>
><br>
> Best regards<br>
> Jianjun<br>
</span>> <pic.JPG><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
-- Norbert Wiener</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>