<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Oct 6, 2015 at 2:38 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On Oct 6, 2015, at 3:29 PM, Zou (Non-US), Ling <<a href="mailto:ling.zou@inl.gov">ling.zou@inl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi All,<br>
><br>
> If the non-zero pattern of a finite difference Jacobian needs 20 colors to color it (20 comes from MatFDColoringView, the non-zero pattern is pre-determined from mesh connectivity), is it true that PETSc needs 40 functions evaluation to get the full Jacobian matrix filled? This is because that a perturbation per color needs two function evaluation according to PETSc manual (ver 3.6, page 123, equations shown in the middle of the page).<br>
> But I only see 20 function evaluations. I probably have some misunderstanding somewhere. Any suggestions?<br>
<br>
</span>   PETSc uses forward differencing to compute the derivatives, hence it needs a single function evaluation at the given point (which has almost always been previously computed in Newton's method) </blockquote><div>~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~</div><div>Is it a potential problem if the user chooses to use a different (e.g. simplified) residual function as the function for <span style="font-family:'Lucida Grande';font-size:12px">MatFDColoringSetFunction?</span></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">and then one function evaluation for each color. This is why it reports 20 function evaluations.<br>
<br>
  Barry<br>
<br>
<br>
><br>
> Ling<br>
<br>
</blockquote></div><br></div></div>