<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>No, you misunderstood. The 4 refers to <br><br></div>1 for i direction<br>+<br></div>1 for j direction<br>+<br></div>1 for k direction<br>+<br></div>1 for dof direction<br>=<br>4<br><br></div><div>Does it solve your problem ?<br></div><div><br></div><div>Best<br></div><div><br></div>Timothee<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2015-09-23 17:25 GMT+09:00 TAY wee-beng <span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><span class="">
<br>
<pre cols="72">Thank you
Yours sincerely,
TAY wee-beng</pre>
</span><span class=""><div>On 23/9/2015 4:18 PM, Timothée Nicolas
wrote:<br>
</div>
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div>
<div>The first thing that strikes me is your definition of
the stencils <br>
<br>
<b><i>MatStencil :: row(6,1),col(6,7)</i></b><b><i><br>
<br>
</i></b></div>
Why is it not defined with <br>
<br>
<b><i>MatStencil :: row(4,1),col(4,7)</i></b><b><i><br>
</i></b><br>
</div>
instead ?<br>
<br>
</div>
Where does the 6 come from ?<br>
<br>
</div>
Timothée<br>
</div>
</blockquote></span>
Hi,<br>
<br>
Maybe I misunderstood. But in your email tutorial, last time, with 1
dof, it's <br>
<br>
<br>
<b><i>MatStencil :: row(4,1),col(4,7)</i></b><b><i><br>
</i></b><br>
So now I have 3 dof, shouldn't it be<br>
<br>
<b><i>MatStencil :: row(6,1),col(6,7)</i></b><b><i><br>
?<br>
<br>
</i></b><div><div class="h5">
<blockquote type="cite">
<div dir="ltr">
<div>
<div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">2015-09-23 17:14 GMT+09:00 TAY wee-beng
<span dir="ltr"><<a href="mailto:zonexo@gmail.com" target="_blank">zonexo@gmail.com</a>></span>:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"> Hi,<br>
<br>
I have successfully used MatSetValuesStencil to insert
values into a Poisson eqn matrix which has 1 DOF
(pressure). Now I'm trying to insert values in a momentum
eqn matrix which has 3 DOF (u,v,w)<br>
<br>
However, I got the error: <br>
<br>
<i><b>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message
----------------------------</b></i><i><b><br>
</b></i><i><b>----------------------------------</b></i><i><b><br>
</b></i><i><b>[0]PETSC ERROR: Argument out of range</b></i><i><b><br>
</b></i><i><b>[0]PETSC ERROR: Inserting a new nonzero at
(111,5) in the matrix</b></i><i><b><br>
</b></i><i><b>[0]PETSC ERROR: See <a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank"></a><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/faq.html</a>
for trou</b></i><i><b><br>
</b></i><i><b>ble shooting.</b></i><br>
<br>
I wonder what's wrong. For the momentum eqn, for each
DOF, at at node (dof,i,j,k), I have coupling i +/- 1, j
+/- 1 and k +/- 1.<br>
<br>
The error happens at 111,5, which corresponds to i = 2, j
= 2, k = 2, which is an internal node.<br>
<br>
Here's part of my code below. Hope someone can help.
Thanks!<br>
<b><i><br>
</i></b><b><i>PetscScalar :: value_insert(7)</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>MatStencil :: row(6,1),col(6,7)</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>ione = 1; iseven = 7</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>if (cell_type == 'u') then</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> offset = 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>else if (cell_type == 'v') then</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> offset = 2</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>else if (cell_type == 'w') then</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> offset = 3</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>end if</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>do k=ksta2,kend2</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> do j = jsta2,jend2</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> do i=2,size_x-1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> row(MatStencil_i,1) = i - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> row(MatStencil_j,1) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> row(MatStencil_k,1) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> row(MatStencil_c,1) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert = 0.d0</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,3) = i + 1 -
1 !east</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,3) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,3) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,3) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(3) = -(
1./(cell_x(i)%pd_E+cell_x(i+1)%pd_W))*(c_yz(j,k)%fc_E)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,5) = i - 1 -
1 !west</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,5) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,5) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,5) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(5) = -(
1./(cell_x(i)%pd_W+cell_x(i-1)%pd_E))*(c_yz(j,k)%fc_E)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,2) = i - 1
!north</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,2) = j + 1 -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,2) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,2) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(2) = -(
1./(cell_y(j)%pd_N+cell_y(j+1)%pd_S))*(c_zx(i,k)%fc_N)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,4) = i - 1
!south</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,4) = j - 1 -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,4) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,4) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(4) = -(
1./(cell_y(j)%pd_S+cell_y(j-1)%pd_N))*(c_zx(i,k)%fc_N)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,6) = i - 1
!front</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,6) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,6) = k + 1 -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,6) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(6) = -(
1./(cell_z(k)%pd_F+cell_z(k+1)%pd_B))*(c_xy(i,j)%fc_F)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,7) = i - 1
!back</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,7) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,7) = k - 1 -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,7) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(7) = -(
1./(cell_z(k)%pd_B+cell_z(k-1)%pd_F))*(c_xy(i,j)%fc_F)*inv_Re</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_i,1) = i - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_j,1) = j - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_k,1) = k - 1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> col(MatStencil_c,1) = offset -
1</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> value_insert(1) =
2.*c(i,j,k)%vol/del_t -
(value_insert(2)+value_insert(3)+value_insert(4)+value_insert(5)+value_insert(6)+value_insert(7))</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> call
MatSetValuesStencil(A_semi_xyz,ione,row,iseven,col,value_insert,INSERT_VALUES,ierr)</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> end do</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> </i></b><b><i><br>
</i></b><b><i> end do</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i><br>
</i></b><b><i>end do </i></b><br>
<pre cols="72">Thank you
Yours sincerely,
TAY wee-beng</pre>
<br>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</blockquote>
<br>
</div></div></div>
</blockquote></div><br></div>