<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 12, 2015 at 2:01 PM, Anthony Haas <span dir="ltr"><<a href="mailto:aph@email.arizona.edu" target="_blank">aph@email.arizona.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Hong,<br>
<br>
I have attached a schematic of my matrices. I solve a generalized EVP in shift-and-invert mode. As you will see, I have indeed a zero diagonal block in the matrices A and B (blocks 4,4). I guess I could just add the zero entries to the diagonal elements of A? Is that strictly necessary when using a direct (LU) solver? Can you please give me a short explanation of why empty diagonal blocks can be problematic?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, the sparse numbering schemes use the location of the diagonal for faster indexing in many places.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Is the patch still available at: <a href="https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/ceeba3afeff0c18262ed13ef92e2508ca68b0ecf" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/petsc/petsc/commits/ceeba3afeff0c18262ed13ef92e2508ca68b0ecf</a> ?<br>
<br>
Thanks again,<br>
<br>
Anthony<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 08/12/2015 08:58 AM, Hong wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Anthony,<br>
I just patched petsc-maint branch.<br>
<br>
Your matrix Amat_binary.m has empty diagonal blocks. Most petsc solvers require matrix diagonal entries to be allocated as 'non-zero', i.e., insert zero values to these zero entries. I would suggest you add zeros to  Amat_binary.m during its buildup. This would enable petsc solvers, as well as other packages.<br>
<br>
Again, thanks for bug reporting.<br>
<br>
Hong<br>
<br>
</blockquote>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>