<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 5, 2015 at 10:29 AM, Jed Brown <span dir="ltr"><<a href="mailto:jed@jedbrown.org" target="_blank">jed@jedbrown.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Rongliang Chen <<a href="mailto:rongliang.chan@gmail.com">rongliang.chan@gmail.com</a>> writes:<br>
<br>
> Hi Jed,<br>
><br>
> Thanks for your reply.<br>
><br>
> I checked the netcdf and hdf5's config.log and could not find any<br>
> possible solutions. Can you help me check these two files again? The two<br>
> files are attached. Thanks.<br>
<br>
It looks to me like libhdf5.a needs to be linked with -ldl, which partly<br>
defeats the intent of static linking.  PETSc folks, do we blame this on<br>
HDF5 with --disable-shared not being a truly static build?  Should we<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, this is an error in the HDF5 buildsystem.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
pass LDLIBS=-ldl so that NetCDF can link?<br></blockquote><div><br></div><div>That would work I think, but looks very strange for a static build (as you said). It appears to me</div><div>that HDF5 is not suitable for a static build, and I would reconsider this strategy.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
This likely all works if you use shared libraries.  (I can't believe<br>
this is still a debate in 2015.)<br>
<br>
configure:16585: mpicc -o conftest -g3 -O0 -I/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/include  conftest.c -lhdf5  -lm -Wl,-rpath,/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/lib -L/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/lib -lhdf5hl_fortran -lhdf5_fortran -lhdf5_hl -lhdf5 -lz >&5<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/lib/libhdf5.a(H5PL.o): In function `H5PL__open':<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/externalpackages/hdf5-1.8.12/src/H5PL.c:535: undefined reference to `dlopen'<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/externalpackages/hdf5-1.8.12/src/H5PL.c:536: undefined reference to `dlerror'<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/externalpackages/hdf5-1.8.12/src/H5PL.c:544: undefined reference to `dlsym'<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/lib/libhdf5.a(H5PL.o): In function `H5PL__search_table':<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/externalpackages/hdf5-1.8.12/src/H5PL.c:627: undefined reference to `dlsym'<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/lib/libhdf5.a(H5PL.o): In function `H5PL__close':<br>
/home/rlchen/soft/petsc-3.6.1/64bit-debug/externalpackages/hdf5-1.8.12/src/H5PL.c:661: undefined reference to `dlclose'<br>
collect2: error: ld returned 1 exit status</blockquote></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>