<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 24, 2015 at 4:18 PM, Anthony Haas <span dir="ltr"><<a href="mailto:aph@email.arizona.edu" target="_blank">aph@email.arizona.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Barry,<br>
<br>
Thanks for your enlightening answers (as usual). It all makes sense now, indeed, I am calling PetscInitialize() multiple times. In my program, I use first PETSc alone to solve a linear system (I have a call to PetscInitialize and a call to PetscFinalize) and then I use SLEPc to compute eigenvalues. I did it like that because of memory consideration: I was thinking that some memory could be freed after the first petscfinalize but maybe I should only call slepcinitialize once and slepcfinalize once?<br></blockquote><div><br></div><div>Yes, definitely.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Anthony<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
On 07/24/2015 02:00 PM, Barry Smith wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
On Jul 24, 2015, at 3:43 PM, Anthony Haas <<a href="mailto:aph@email.arizona.edu" target="_blank">aph@email.arizona.edu</a>> wrote:<br>
<br>
Hi,<br>
<br>
I am trying to run my code through the gnu debugger with:<br>
<br>
${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/bin/mpirun -n 2 ./BiGlobal_Spectral_Petsc.x -ksp_type preonly -pc_type lu -pc_factor_mat_solver_package superlu_dist -eps_view -st_ksp_type preonly -st_pc_type lu -st_pc_factor_mat_solver_package superlu_dist -start_in_debugger<br>
<br>
Following that command, I can see on my main screen:<br>
<br>
3D POISEUILLE BASEFLOW COMPUTED ON GRID WITH NX = 15 NY = 15  ==> this is a comment in my program<br>
<br></span>
[0]PETSC ERROR: PETSC: Attaching gdb to ./BiGlobal_Spectral_Petsc.x of pid 30562 on display :0 on machine <a href="http://veltins.cfd.ame.arizona.edu" rel="noreferrer" target="_blank">veltins.cfd.ame.arizona.edu</a><br>
[1]PETSC ERROR: PETSC: Attaching gdb to ./BiGlobal_Spectral_Petsc.x of pid 30563 on display :0 on machine <a href="http://veltins.cfd.ame.arizona.edu" rel="noreferrer" target="_blank">veltins.cfd.ame.arizona.edu</a><span class=""><br>
<br>
<br>
And at the same time, I have 2 xterms that open. I have attached (see below) the content of 1 of the xterms since their content is very similar. Upon opening, the xterms seem to load some debugging info and then, I get:<br>
<br>
(gdb)<br>
<br>
At that point I type continue in both xterms which then show something like: [Inferior 1 (process 30563) exited normally] (see below). And at the same time, 2 other xterms open (I have then 4 xterms open).<br>
</span></blockquote><span class="">
    This is not expected.  Are you calling PetscInitialize() multiple times?<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
If I type continue in these 2 new xterms, I get: The program is not being run.<br>
</blockquote>
    Strange.<br>
<br>
    <br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
Is the command continue that I have used suitable here?<br>
</blockquote>
   Yes that is what I do.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Does the [Inferior 1 (process 30563) exited normally] means that no bug was detected?<br>
</blockquote>
   Usually yes.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Or does [0]PETSC ERROR: PETSC: Attaching gdb to ... means that something is going wrong?<br>
</blockquote>
   Our printing the string PETSC ERROR here is kind of silly cause there is not really an error, I'll see if I can eliminate this.<br>
<br>
   What happens if you use just one MPI process?<br>
      1) do you still get the "extra" xterm and gdb?<br>
      2) if you use start_in_debugger with one MPI process does it again offer an "extra" gdb after the first one?<br>
<br>
   Barry<br>
<br>
</span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">
<br>
Thanks<br>
<br>
Anthony<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
GNU gdb (GDB) Red Hat Enterprise Linux 7.6.1-64.el7<br>
Copyright (C) 2013 Free Software Foundation, Inc.<br></span>
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <<a href="http://gnu.org/licenses/gpl.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://gnu.org/licenses/gpl.html</a>><span class=""><br>
This is free software: you are free to change and redistribute it.<br>
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.  Type "show copying"<br>
and "show warranty" for details.<br>
This GDB was configured as "x86_64-redhat-linux-gnu".<br>
For bug reporting instructions, please see:<br></span>
<<a href="http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gnu.org/software/gdb/bugs/</a>>...<div><div class="h5"><br>
Reading symbols from /home/anthony/Desktop/BiGlobal-Fortran-New/PETSc/Build-BiGlobal-Matrices/BiGlobal_Spectral_Petsc.x...done.<br>
Attaching to program: /home/anthony/Desktop/BiGlobal-Fortran-New/PETSc/Build-BiGlobal-Matrices/./BiGlobal_Spectral_Petsc.x, process 30563<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libpetsc.so.3.6...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libpetsc.so.3.6<br>
Reading symbols from /lib64/libpthread.so.0...(no debugging symbols found)...done.<br>
[Thread debugging using libthread_db enabled]<br>
Using host libthread_db library "/lib64/libthread_db.so.1".<br>
Loaded symbols for /lib64/libpthread.so.0<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libparmetis.so...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libparmetis.so<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmetis.so...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmetis.so<br>
Reading symbols from /lib64/libX11.so.6...Reading symbols from /lib64/libX11.so.6...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libX11.so.6<br>
Reading symbols from /lib64/libssl.so.10...Reading symbols from /lib64/libssl.so.10...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libssl.so.10<br>
Reading symbols from /lib64/libcrypto.so.10...Reading symbols from /lib64/libcrypto.so.10...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libcrypto.so.10<br>
Reading symbols from /lib64/libgfortran.so.3...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libgfortran.so.3<br>
Reading symbols from /lib64/libm.so.6...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libm.so.6<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmpifort.so.12...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmpifort.so.12<br>
Reading symbols from /lib64/libquadmath.so.0...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libquadmath.so.0<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmpicxx.so.12...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmpicxx.so.12<br>
Reading symbols from /lib64/libstdc++.so.6...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libstdc++.so.6<br>
Reading symbols from /lib64/libdl.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libdl.so.2<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superlu<br>
dist-complex/lib/libmpi.so.12...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/petsc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libmpi.so.12<br>
Reading symbols from /lib64/libgcc_s.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libgcc_s.so.1<br>
Reading symbols from /home/anthony/LIB/slepc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libslepc.so.3.6...done.<br>
Loaded symbols for /home/anthony/LIB/slepc-3.6.0/linux-gnu-debug-mumps-superludist-complex/lib/libslepc.so.3.6<br>
Reading symbols from /lib64/libc.so.6...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libc.so.6<br>
Reading symbols from /lib64/ld-linux-x86-64.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/ld-linux-x86-64.so.2<br>
Reading symbols from /lib64/libxcb.so.1...Reading symbols from /lib64/libxcb.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libxcb.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/libgssapi_krb5.so.2...Reading symbols from /lib64/libgssapi_krb5.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libgssapi_krb5.so.2<br>
Reading symbols from /lib64/libkrb5.so.3...Reading symbols from /lib64/libkrb5.so.3...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libkrb5.so.3<br>
Reading symbols from /lib64/libcom_err.so.2...Reading symbols from /lib64/libcom_err.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libcom_err.so.2<br>
Reading symbols from /lib64/libk5crypto.so.3...Reading symbols from /lib64/libk5crypto.so.3...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libk5crypto.so.3<br>
Reading symbols from /lib64/libz.so.1...Reading symbols from /lib64/libz.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libz.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/librt.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/librt.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/libXau.so.6...Reading symbols from /lib64/libXau.so.6...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libXau.so.6<br>
Reading symbols from /lib64/libkrb5support.so.0...Reading symbols from /lib64/libkrb5support.so.0...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libkrb5support.so.0<br>
Reading symbols from /lib64/libkeyutils.so.1...Reading symbols from /lib64/libkeyutils.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libkeyutils.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/libresolv.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libresolv.so.2<br>
Reading symbols from /lib64/libselinux.so.1...Reading symbols from /lib64/libselinux.so.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libselinux.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/libpcre.so.1...Reading symbols from /lib64/libpcre.s<br>
o.1...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libpcre.so.1<br>
Reading symbols from /lib64/liblzma.so.5...Reading symbols from /lib64/liblzma.so.5...(no debugging symbols found)...done.<br>
(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/liblzma.so.5<br>
Reading symbols from /lib64/libnss_files.so.2...(no debugging symbols found)...done.<br>
Loaded symbols for /lib64/libnss_files.so.2<br>
0x00007faacd261470 in __nanosleep_nocancel () from /lib64/libc.so.6<br>
Missing separate debuginfos, use: debuginfo-install glibc-2.17-78.el7.x86_64 keyutils-libs-1.5.8-3.el7.x86_64 krb5-libs-1.12.2-14.el7.x86_64 libX11-1.6.0-2.1.el7.x86_64 libXau-1.0.8-2.1.el7.x86_64 libcom_err-1.42.9-7.el7.x86_64 libgcc-4.8.3-9.el7.x86_64 libgfortran-4.8.3-9.el7.x86_64 libquadmath-4.8.3-9.el7.x86_64 libselinux-2.2.2-6.el7.x86_64 libstdc++-4.8.3-9.el7.x86_64 libxcb-1.9-5.el7.x86_64 openssl-libs-1.0.1e-42.el7.9.x86_64 pcre-8.32-14.el7.x86_64 xz-libs-5.1.2-9alpha.el7.x86_64 zlib-1.2.7-13.el7.x86_64<br>
(gdb) continue<br>
Continuing.<br>
Detaching after fork from child process 30734.<br>
[Inferior 1 (process 30563) exited normally]<br>
<br>
</div></div></blockquote></blockquote>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>