<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 24, 2015 at 10:16 AM, Aaron Kitzmiller <span dir="ltr"><<a href="mailto:akitzmiller@g.harvard.edu" target="_blank">akitzmiller@g.harvard.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word">I've been struggling with petsc builds in a couple of different contexts.  The software seems to build OK, but when I try to run tests it hangs.  This is also crippling a related tool called PISM.<div><br></div><div><div>I'm building on Centos 6.5 with gcc 4.8.2 and openmpi 1.8.3 and the system blas / lapack with the following configure line:</div><div><br></div><div><font face="Andale Mono">./configure --prefix=$HOME/petsc-install --download-superlu_dist --download-mumps --download-pastix --with-mpi-dir=$MPI_HOME --download-parmetis --download-metis --download-ptscotch --download-scalapack</font></div><div><br></div><div>MPI_HOME is set by our module system to the root of the OpenMPI installation.</div><div><br></div><div>I've also tried icc (15.0.0) with MKL and have the same problem.  Feels like it is something obvious, but can't figure it out.</div></div></div></blockquote><div><br></div><div>1) Try running a test by hand</div><div><br></div><div>  cd $PETSC_DIR/src/snes/examples/tutorials</div><div>  make ex5</div><div>  ./ex5 -snes_monitor</div><div><br></div><div>2) If that runs, its an MPI problem. Can you run a standalone MPI job? I suspect you need to understand</div><div>    how to run a job on your machine.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><div><div>ajk</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br><div>
<div>Aaron Kitzmiller</div><div>Informatics and Scientific Applications</div><div><a href="mailto:aaron_kitzmiller@harvard.edu" target="_blank">aaron_kitzmiller@harvard.edu</a></div><div><br></div><br>

</div>
<br></div></font></span></div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>