<div dir="ltr"><div><div>Hi Lawrence,<br><br></div>I just resolved this issue, you're right I did have two petsc4py's (manually removing the one in /usr/local/... did the trick) and I undid every installation step i took for Firedrake. Seems the issue was me installing FEniCS with sudo apt-get install fenics and installing Firedrake dependencies via sudo pip install ... gave me problems.<br><br></div><div>Thanks, <br></div><div>Justin<br><br></div><div>PS - as for the other e-mail, I will get back to you shortly on that<br></div><div><br></div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 14, 2015 at 3:37 AM, Lawrence Mitchell <span dir="ltr"><<a href="mailto:lawrence.mitchell@imperial.ac.uk" target="_blank">lawrence.mitchell@imperial.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>
Hash: SHA1<br>
<br>
Hi Justin,<br>
<div><div class="h5"><br>
On 14/07/15 09:24, Justin Chang wrote:<br>
> Hi everyone,<br>
><br>
> As the title says, I have an issue regarding all three. Not sure<br>
> which mailing to post this to but i figured somebody here may<br>
> help.<br>
><br>
> I was attempting to install Firedrake on my Ubuntu PC, so far it<br>
> has not worked yet. However, after my failed attempt, i tried to<br>
> run some of my old FEniCS programs, and something within the Dolfin<br>
> library has screwed up. Below is the error:<br>
><br>
> Traceback (most recent call last): File "Idealized_reservoir.py",<br>
> line 8, in <module> from dolfin import * File<br>
> "/usr/lib/python2.7/dist-packages/dolfin/__init__.py", line 16, in<br>
> <module> from . import cpp File<br>
> "/usr/lib/python2.7/dist-packages/dolfin/cpp/__init__.py", line 42,<br>
> in <module> exec("from . import %s" % module_name) File "<string>",<br>
> line 1, in <module> File<br>
> "/usr/lib/python2.7/dist-packages/dolfin/cpp/common.py", line 32,<br>
> in <module> _common = swig_import_helper() File<br>
> "/usr/lib/python2.7/dist-packages/dolfin/cpp/common.py", line 28,<br>
> in swig_import_helper _mod = imp.load_module('_common', fp,<br>
> pathname, description) File<br>
> "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc4py/PETSc.py", line 4,<br>
> in <module> PETSc._initialize() File "PETSc/PETSc.pyx", line 407,<br>
> in petsc4py.PETSc._initialize (src/petsc4py.PETSc.c:232527) File<br>
> "PETSc/PETSc.pyx", line 395, in petsc4py.PETSc.register<br>
> (src/petsc4py.PETSc.c:232364) File "PETSc/Object.pyx", line 257,<br>
> in petsc4py.PETSc.PyPetscType_Register<br>
> (src/petsc4py.PETSc.c:64906) ValueError: key: 0, cannot register:<br>
> <type 'petsc4py.PETSc.Partitioner'>, already registered: None<br>
><br>
> It seems I screwed something up when I attempted to installed<br>
> petsc4py. The following command was used to install petsc4py per<br>
> firedrake instructions:<br>
><br>
> sudo pip install<br>
> git+<a href="https://bitbucket.org/mapdes/petsc4py.git@firedrake#egg=petsc4py" rel="noreferrer" target="_blank">https://bitbucket.org/mapdes/petsc4py.git@firedrake#egg=petsc4py</a><br>
><br>
>  I tried uninstalling petsc4py via sudo pip uninstall but it says<br>
> "Not uninstalling petsc4py at /usr/lib/pymodules/python2.7, owned<br>
> by OS".<br>
<br>
</div></div>Something funky is going on here, since the petsc4py in the backtrace<br>
above lives in /usr/local/lib/python2.7/... not<br>
/usr/lib/pymodules/python2.7<br>
<br>
I presume "pip list" doesn't list petsc4py anywhere.<br>
<span class=""><br>
 I<br>
> reinstalled fenics/dolfin and all of its dependencies but i still<br>
> get the traceback errors above. I tried to upgrade petsc4py sudo<br>
> pip install -U --no-deps ... but it says "Can't roll back petsc4py;<br>
> was not uninstalled".<br>
><br>
> Any idea what I can do here?<br>
<br>
</span>This looks a bit like there are two petsc4py versions kicking around.<br>
Does just importing petsc4py work at all (from petsc4py import PETSc),<br>
and if so, where does it point to?  (print PETSc.__file__).<br>
<br>
Do things work if you manually remove petsc4py from<br>
/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc4py?<br>
<br>
Cheers,<br>
<br>
Lawrence<br>
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br>
Version: GnuPG v1<br>
<br>
iQEcBAEBAgAGBQJVpMpVAAoJECOc1kQ8PEYvE+QH/R8V9n7a/v18eREO4t06h/X1<br>
jrYyU3AmYEQUaKHUnDyhS0G3ew4jVUWscSzxqqagnQFZLsegm2ubS5+q22tWn52k<br>
W7ExtrZ1EQl2D2KcivJH0o1cQmmufoV3A3M+VjW4yKhoBWacDK4FabFwu7xWdx5S<br>
RWUWbYHfsjjiTaVFneuFwNZUhwYs4Eofnx4OBRBhji704rUhcqLZhiJDBFJJrnCA<br>
bcRMusvU6Bfq1+xtrmLYZnJqN45vUK4tnXdMQUBJCQi3jBwh+yMB2MLTX2qmoQzO<br>
VvxRS4wC7Cl91tYC7rqh6GzVh5oZNocet+0OQ9+/AwdjDwVa7ppSplMnJAWeQrc=<br>
=Ksbp<br>
-----END PGP SIGNATURE-----<br>
</blockquote></div><br></div>