<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 8, 2015 at 5:16 AM, Javier Quinteros <span dir="ltr"><<a href="mailto:javier@gfz-potsdam.de" target="_blank">javier@gfz-potsdam.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">-----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE-----<br>
Hash: SHA1<br>
<br>
Hi all.<br>
We use petsc4py to develop. We are trying to partition a mesh (DMPlex)<br>
but we receive different errors when calling to the "distribute"<br>
method of the "DMPlex" class.<br>
<br>
We use versions 3.6 from PETSc and petsc4py.<br>
We run it in two different installations. One has been installed with<br>
- --download-metis and the other with --download-chaco, but the error is<br>
always:<br>
<br>
  File "PETSc/DMPlex.pyx", line 514, in<br>
petsc4py.PETSc.DMPlex.distribute (src/petsc4py.PETSc.c:220066)<br>
    self.dm.distribute()<br>
  File "PETSc/DMPlex.pyx", line 514, in<br>
petsc4py.PETSc.DMPlex.distribute (src/petsc4py.PETSc.c:220066)<br>
petsc4py.PETSc.Errorpetsc4py.PETSc.Error: error code 56<br>
[0] DMPlexDistribute() line 1505 in<br>
/home/javier/soft/petsc-3.6.0/src/dm/impls/plex/plexdistribute.c<br>
[0] PetscPartitionerPartition() line 653 in<br>
/home/javier/soft/petsc-3.6.0/src/dm/impls/plex/plexpartition.c<br>
[0] PetscPartitionerPartition_Chaco() line 1048 in<br>
/home/javier/soft/petsc-3.6.0/src/dm/impls/plex/plexpartition.c<br>
[0] No support for this operation for this object type<br>
[0] Mesh partitioning needs external package support.<br>
Please reconfigure with --download-chaco.<br></blockquote><div><br></div><div>Can you send the configure.log from the installation using --download-chaco?</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
We build our mesh using "createFromCellList" as in firedrake (plex is<br>
empty on ranks different than 0), and there is the folowwing comment:<br>
<br>
# Provide empty plex on other ranks<br>
# A subsequent call to plex.distribute() takes care of parallel<br>
# partitioning<br>
<br>
But for us is not working.<br>
<br>
Does anyone have a working example of how to partition a mesh in petsc4py?<br>
<br>
Thanks in advance!<br>
<br>
- --<br>
Javier Quinteros<br>
- -------------------------------------------<br>
2.4/Seismologie<br>
Tel.: +49 (0)331/288-1931<br>
Fax:  +49 (0)331/288-1277<br>
Email: <a href="mailto:javier@gfz-potsdam.de">javier@gfz-potsdam.de</a><br>
___________________________________<br>
<br>
Helmholtz-Zentrum Potsdam<br>
Deutsches GeoForschungsZentrum GFZ<br>
Stiftung des öff. Rechts Land Brandenburg<br>
Telegrafenberg, 14473 Potsdam<br>
-----BEGIN PGP SIGNATURE-----<br>
Version: GnuPG v1<br>
<br>
iQEcBAEBAgAGBQJVnPhnAAoJEB7cuSNr8cJ5oxUIALmvXzbCD+vbiPjlDLcTOzV8<br>
QLeYPW7kLHqL6jZuPkIu+lubsgsdYfsvE8vtfm3FwvlYlQyuez8vMI5V74aLVGsb<br>
yMQGqjWvFMbJ8ymvJ8K+COEM7G8oahB5Y9I5Wl30+psRhE41ZCWHeVSruqidSCo5<br>
T3buMWOjUq1Il7dtpfgnaiRReYWvqjcuW9LW6sU6HPux7LgVzhbtNhiurYfJ8FZX<br>
PKT+mW9PFPJe4U+HQcvyT/augmr3+Zt8QQQcSFMe0GVMHtiZb8eXg9CcouC3qA91<br>
UaMVkCOz2XXmsgY6aKih9xhOh6QP3i8HM7n46YC1B7BdKqWtwHPh8PqgNH2WWbE=<br>
=KSm9<br>
-----END PGP SIGNATURE-----<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature">What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</div></div>