<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Jose,<br><br></div>In my code, I use once PETSc to solve a linear system to get the baseflow (without using SLEPc) and then I use SLEPc to do the stability analysis of that baseflow. This is why, there are some SLEPc options that are not used in test.out-superlu_dist-151x151 (when I am solving for the baseflow with PETSc only). I have attached a 101x101 case for which I get the eigenvalues. That case works fine. However If i increase to 151x151, I get the error that you can see in test.out-superlu_dist-151x151 (similar error with mumps: see test.out-mumps-151x151 line 2918 ). If you look a the very end of the files test.out-superlu_dist-151x151 and test.out-mumps-151x151, you will see that the last info message printed is: <br><br>On Processor (after EPSSetFromOptions)  0    memory:    0.65073152000E+08          =====>  (see line 807 of module_petsc.F90)<br><br></div>This means that the memory error probably occurs in the call to EPSSolve (see module_petsc.F90 line 810). I would like to evaluate how much memory is required by the most memory intensive operation within EPSSolve. Since I am solving a generalized EVP, I would imagine that it would be the LU decomposition. But is there an accurate way of doing it? <br><br></div><div>Before starting with iterative solvers, I would like to exploit as much as I can direct solvers. I tried GMRES with default preconditioner at some point but I had convergence problem. What solver/preconditioner would you recommend for a generalized non-Hermitian
(EPS_GNHEP) EVP?<br><br></div><div>Thanks,<br><br></div><div>Anthony<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 7, 2015 at 12:17 AM, Jose E. Roman <span dir="ltr"><<a href="mailto:jroman@dsic.upv.es" target="_blank">jroman@dsic.upv.es</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
El 07/07/2015, a las 02:33, Anthony Haas escribió:<br>
<br>
> Hi,<br>
><br>
> I am computing eigenvalues using PETSc/SLEPc and superlu_dist for the LU decomposition (my problem is a generalized eigenvalue problem). The code runs fine for a grid with 101x101 but when I increase to 151x151, I get the following error:<br>
><br>
> Can't expand MemType 1: jcol 16104   (and then [NID 00037] 2015-07-06 19:19:17 Apid 31025976: OOM killer terminated this process.)<br>
><br>
> It seems to be a memory problem. I monitor the memory usage as far as I can and it seems that memory usage is pretty low. The most memory intensive part of the program is probably the LU decomposition in the context of the generalized EVP. Is there a way to evaluate how much memory will be required for that step? I am currently running the debug version of the code which I would assume would use more memory?<br>
><br>
> I have attached the output of the job. Note that the program uses twice PETSc: 1) to solve a linear system for which no problem occurs, and, 2) to solve the Generalized EVP with SLEPc, where I get the error.<br>
><br>
> Thanks<br>
><br>
> Anthony<br>
</div></div>> <test.out-superlu_dist-151x151><br>
<br>
In the output you are attaching there are no SLEPc objects in the report and SLEPc options are not used. It seems that SLEPc calls are skipped?<br>
<br>
Do you get the same error with MUMPS? Have you tried to solve linear systems with a preconditioned iterative solver?<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Jose<br>
<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>