<div dir="ltr">I may have exaggerated when I described the preconditioner as "good". All I know about the preconditioner is that it helps. It is a very rough approximation of the Jacobian. So I don't think I can just use the preconditioner as a stand-in for the Jacobian.<div><br></div><div>As for using -snes_mf_operator, I doubt that would work. I'm minimizing the energy of a large lattice with defects, and when I use a simplified form of the energy, I still have to resort to Kahan summation to preserve enough accuracy in the Jacobian to get the system to converge. For this reason, I don't think a finite difference approximation of the Jacobian will work due to the loss of precision already inherent in the calculation.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Michael</div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jul 1, 2015 at 5:43 AM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Wed, Jul 1, 2015 at 7:19 AM, Michael White <span dir="ltr"><<a href="mailto:mrwhite@umn.edu" target="_blank">mrwhite@umn.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello,<div><br></div><div>I am not quite sure how to use the L-BFGS implementation in PETSc with a preconditioner that approximates the Jacobian. As far as I understand it, L-BFGS is like Newton's Method but doesn't require the user to input the Jacobian matrix. However, for my application, I do have a good preconditioner that approximates the Jacobian matrix. My question is where to input such a preconditioner. I have 3 possible guesses about the correct way to do it.</div><div><br></div><div>1. Use SNESSetJacobian to provide a function which computes the preconditioner. I'm unsure if this information is even used though, since L-BFGS builds its own approximation to the inverse Jacobian as it goes.</div><div><br></div><div>2. Use SNESQNSetScaleType with SNES_QN_SCALE_JACOBIAN to set my preconditioner as an initial approximation to the Jacobian somehow?</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>This is the intent, but we have no tests of this in PETSc, so let me know if this works. Jed Brown and Peter Brune have a paper</div><div>where they do this and it has the options they used.</div><span class=""><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>3. Use an SNESSetNPC with my preconditioner as a linear preconditioner?</div><div><br></div><div>Anyone that could point me in the right direction would be greatly appreciated.</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Why are you using L-BFGS if you have a good Jacobian preconditioner? You could do Newton with that</div><div>preconditioning matrix and MF application of the Jacobian.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Best regards,</div><div>Michael White</div><div><br></div><div><br></div></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>