<div dir="ltr">Thank you for reviewing this. The errors for the command 'pip2 install .' inside the petsc4py directory are attached, along with the configure/make logs for the PETSc build.<div>Best,</div><div>Mikhail Khodak<br><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jun 22, 2015 at 12:25 PM, Lisandro Dalcin <span dir="ltr"><<a href="mailto:dalcinl@gmail.com" target="_blank">dalcinl@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Mikhail, Satish helped me and we managed to get petsc4py working<br>
with static builds and Cygwin's Open MPI. Please git pull and try<br>
again.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On 11 June 2015 at 14:13, Mikhail Khodak <<a href="mailto:mkhodak@princeton.edu">mkhodak@princeton.edu</a>> wrote:<br>
> I have attached the log files.<br>
> I tried using Open MPI before but received the same result. I will try a<br>
> static build later and otherwise will get a VM.<br>
> Thanks for looking at this,<br>
> Mikhail<br>
><br>
><br>
> On Thu, Jun 11, 2015 at 10:48 AM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
>><br>
>> Also - should mention:<br>
>><br>
>> - cygwin has OpenMPI pacakged - so you could also try that.<br>
>> - most of my builds are static [so never tried dll builds]<br>
>><br>
>> Satish<br>
>><br>
>> On Thu, 11 Jun 2015, Satish Balay wrote:<br>
>><br>
>> > If you get errors when running basic petsc examples - send us the<br>
>> > relavant petsc logs [configure.log, make.log, test.log etc..]<br>
>> ><br>
>> > Also - note that mpich is not supported on cygwin/windows [it<br>
>> > generally works for us - when we try the --download-mpich build].<br>
>> ><br>
>> > Unless you really need a cywin build/use of petsc4py - it might be<br>
>> > easier to install a linux VM - and use PETSc/petsc4py on it.<br>
>> ><br>
>> > Satish<br>
>> ><br>
>> > On Thu, 11 Jun 2015, Mikhail Khodak wrote:<br>
>> ><br>
>> > > I added these lines to the petsc4py test files (specifically<br>
>> > > test_comm.py)<br>
>> > > but the error remains the same. However, I have done the standard<br>
>> > > 'which<br>
>> > > mpiexec', 'which mpicc', 'which mpirun' and they are all in the same<br>
>> > > folder. In fact it is the only MPI installed.<br>
>> > > The reason I thought it might be a PETSc build problem is because one<br>
>> > > of<br>
>> > > the PETSc 'make test' tests (ex5f) fails with the same error, even<br>
>> > > though<br>
>> > > the 'make streams' test works fine with MPI processes.<br>
>> > > Thanks,<br>
>> > > Mikhail<br>
>> > ><br>
>> > > On Thu, Jun 11, 2015 at 4:21 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>><br>
>> > > wrote:<br>
>> > ><br>
>> > > > On Thu, Jun 11, 2015 at 5:07 AM, Mikhail Khodak<br>
>> > > > <<a href="mailto:mkhodak@princeton.edu">mkhodak@princeton.edu</a>><br>
>> > > > wrote:<br>
>> > > ><br>
>> > > >> Thank you for your help - the install seems to work, apart from<br>
>> > > >> routines<br>
>> > > >> requiring MPI, which fail due to the "Attempting to use an MPI<br>
>> > > >> routine<br>
>> > > >> before initializing MPI" error. This seems to be an error in the<br>
>> > > >> PETSc<br>
>> > > >> build itself.<br>
>> > > >><br>
>> > > ><br>
>> > > > The MPI routines will not work until after<br>
>> > > ><br>
>> > > > import petsc4py, sys<br>
>> > > > petsc4py.init(sys.argv)<br>
>> > > > from petsc4py import PETSc<br>
>> > > ><br>
>> > > > If they fail after this, it is usually a mismatch between the<br>
>> > > > mpiexec<br>
>> > > > being used and the MPI<br>
>> > > > libraries being linked.<br>
>> > > ><br>
>> > > >   Thanks,<br>
>> > > ><br>
>> > > >     Matt<br>
>> > > ><br>
>> > > > Thanks again,<br>
>> > > >> Mikhail Khodak<br>
>> > > >><br>
>> > > >> On Mon, Jun 8, 2015 at 5:11 AM, Lisandro Dalcin <<a href="mailto:dalcinl@gmail.com">dalcinl@gmail.com</a>><br>
>> > > >> wrote:<br>
>> > > >><br>
>> > > >>> On 8 June 2015 at 02:50, Mikhail Khodak <<a href="mailto:mkhodak@princeton.edu">mkhodak@princeton.edu</a>><br>
>> > > >>> wrote:<br>
>> > > >>> > Hello, I am trying to build petsc4py-3.5.1 using Cygwin on<br>
>> > > >>> > 64-bit<br>
>> > > >>> Windows 7.<br>
>> > > >>> > I have built PETSc 3.5.4 with shared and dynamic libraries using<br>
>> > > >>> > mpich2-1.2.1 and successfully ran the installation tests. I am<br>
>> > > >>> > using<br>
>> > > >>> Python<br>
>> > > >>> > 2.7 and NumPy 1.9.2 and have installed mpi4py. However, when I<br>
>> > > >>> > attempt<br>
>> > > >>> to<br>
>> > > >>> > install petsc4py (both with pip and distutils) I get a mpicc<br>
>> > > >>> > compiler<br>
>> > > >>> error<br>
>> > > >>> > due to undefined references/symbols. I have attached the output<br>
>> > > >>> > of<br>
>> > > >>> running<br>
>> > > >>> ><br>
>> > > >>> > pip install petsc petsc4py --allow-external petsc<br>
>> > > >>> > --allow-external<br>
>> > > >>> petsc4py<br>
>> > > >>> ><br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> I've never ever built or test petsc4py under Cygwin. The errors<br>
>> > > >>> you<br>
>> > > >>> see are expected.<br>
>> > > >>> Perhaps you can manually workaround the issues following the<br>
>> > > >>> following<br>
>> > > >>> steps:<br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> 1) Download the petsc4py tarball and unpack it.<br>
>> > > >>> 2) Open the file "src/libpetsc4py/libpetsc4py.h", add remove all<br>
>> > > >>> occurences of DL_IMPORT, i.e, replace DL_IMPORT(XYZ) for just XYZ<br>
>> > > >>> 3) Use pip again:<br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> pip install petsc<br>
>> > > >>> pip install .<br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> The last line assumes your current working directory is the one<br>
>> > > >>> having<br>
>> > > >>> petsc4py's setup.py<br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> Finally, I do not guarantee this will work. I'm just guessing,<br>
>> > > >>> petsc4py never explicitly supported Windows and/or Cygwin.<br>
>> > > >>><br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> --<br>
>> > > >>> Lisandro Dalcin<br>
>> > > >>> ============<br>
>> > > >>> Research Scientist<br>
>> > > >>> Computer, Electrical and Mathematical Sciences & Engineering<br>
>> > > >>> (CEMSE)<br>
>> > > >>> Numerical Porous Media Center (NumPor)<br>
>> > > >>> King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)<br>
>> > > >>> <a href="http://numpor.kaust.edu.sa/" rel="noreferrer" target="_blank">http://numpor.kaust.edu.sa/</a><br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> 4700 King Abdullah University of Science and Technology<br>
>> > > >>> al-Khawarizmi Bldg (Bldg 1), Office # 4332<br>
>> > > >>> Thuwal 23955-6900, Kingdom of Saudi Arabia<br>
>> > > >>> <a href="http://www.kaust.edu.sa" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kaust.edu.sa</a><br>
>> > > >>><br>
>> > > >>> Office Phone: <a href="tel:%2B966%2012%20808-0459" value="+966128080459">+966 12 808-0459</a><br>
>> > > >>><br>
>> > > >><br>
>> > > >><br>
>> > > ><br>
>> > > ><br>
>> > > > --<br>
>> > > > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
>> > > > experiments is infinitely more interesting than any results to which<br>
>> > > > their<br>
>> > > > experiments lead.<br>
>> > > > -- Norbert Wiener<br>
>> > > ><br>
>> > ><br>
>> ><br>
>> ><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Lisandro Dalcin<br>
============<br>
Research Scientist<br>
Computer, Electrical and Mathematical Sciences & Engineering (CEMSE)<br>
Numerical Porous Media Center (NumPor)<br>
King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)<br>
<a href="http://numpor.kaust.edu.sa/" rel="noreferrer" target="_blank">http://numpor.kaust.edu.sa/</a><br>
<br>
4700 King Abdullah University of Science and Technology<br>
al-Khawarizmi Bldg (Bldg 1), Office # 4332<br>
Thuwal 23955-6900, Kingdom of Saudi Arabia<br>
<a href="http://www.kaust.edu.sa" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kaust.edu.sa</a><br>
<br>
Office Phone: <a href="tel:%2B966%2012%20808-0459" value="+966128080459">+966 12 808-0459</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>