<div dir="ltr">I have attached the log files. <div>I tried using Open MPI before but received the same result. I will try a static build later and otherwise will get a VM.</div><div>Thanks for looking at this,</div><div>Mikhail<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 11, 2015 at 10:48 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Also - should mention:<br>
<br>
- cygwin has OpenMPI pacakged - so you could also try that.<br>
- most of my builds are static [so never tried dll builds]<br>
<span><font color="#888888"><br>
Satish<br>
</font></span><div><div><br>
On Thu, 11 Jun 2015, Satish Balay wrote:<br>
<br>
> If you get errors when running basic petsc examples - send us the<br>
> relavant petsc logs [configure.log, make.log, test.log etc..]<br>
><br>
> Also - note that mpich is not supported on cygwin/windows [it<br>
> generally works for us - when we try the --download-mpich build].<br>
><br>
> Unless you really need a cywin build/use of petsc4py - it might be<br>
> easier to install a linux VM - and use PETSc/petsc4py on it.<br>
><br>
> Satish<br>
><br>
> On Thu, 11 Jun 2015, Mikhail Khodak wrote:<br>
><br>
> > I added these lines to the petsc4py test files (specifically test_comm.py)<br>
> > but the error remains the same. However, I have done the standard 'which<br>
> > mpiexec', 'which mpicc', 'which mpirun' and they are all in the same<br>
> > folder. In fact it is the only MPI installed.<br>
> > The reason I thought it might be a PETSc build problem is because one of<br>
> > the PETSc 'make test' tests (ex5f) fails with the same error, even though<br>
> > the 'make streams' test works fine with MPI processes.<br>
> > Thanks,<br>
> > Mikhail<br>
> ><br>
> > On Thu, Jun 11, 2015 at 4:21 AM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> ><br>
> > > On Thu, Jun 11, 2015 at 5:07 AM, Mikhail Khodak <<a href="mailto:mkhodak@princeton.edu" target="_blank">mkhodak@princeton.edu</a>><br>
> > > wrote:<br>
> > ><br>
> > >> Thank you for your help - the install seems to work, apart from routines<br>
> > >> requiring MPI, which fail due to the "Attempting to use an MPI routine<br>
> > >> before initializing MPI" error. This seems to be an error in the PETSc<br>
> > >> build itself.<br>
> > >><br>
> > ><br>
> > > The MPI routines will not work until after<br>
> > ><br>
> > > import petsc4py, sys<br>
> > > petsc4py.init(sys.argv)<br>
> > > from petsc4py import PETSc<br>
> > ><br>
> > > If they fail after this, it is usually a mismatch between the mpiexec<br>
> > > being used and the MPI<br>
> > > libraries being linked.<br>
> > ><br>
> > >   Thanks,<br>
> > ><br>
> > >     Matt<br>
> > ><br>
> > > Thanks again,<br>
> > >> Mikhail Khodak<br>
> > >><br>
> > >> On Mon, Jun 8, 2015 at 5:11 AM, Lisandro Dalcin <<a href="mailto:dalcinl@gmail.com" target="_blank">dalcinl@gmail.com</a>><br>
> > >> wrote:<br>
> > >><br>
> > >>> On 8 June 2015 at 02:50, Mikhail Khodak <<a href="mailto:mkhodak@princeton.edu" target="_blank">mkhodak@princeton.edu</a>> wrote:<br>
> > >>> > Hello, I am trying to build petsc4py-3.5.1 using Cygwin on 64-bit<br>
> > >>> Windows 7.<br>
> > >>> > I have built PETSc 3.5.4 with shared and dynamic libraries using<br>
> > >>> > mpich2-1.2.1 and successfully ran the installation tests. I am using<br>
> > >>> Python<br>
> > >>> > 2.7 and NumPy 1.9.2 and have installed mpi4py. However, when I attempt<br>
> > >>> to<br>
> > >>> > install petsc4py (both with pip and distutils) I get a mpicc compiler<br>
> > >>> error<br>
> > >>> > due to undefined references/symbols. I have attached the output of<br>
> > >>> running<br>
> > >>> ><br>
> > >>> > pip install petsc petsc4py --allow-external petsc --allow-external<br>
> > >>> petsc4py<br>
> > >>> ><br>
> > >>><br>
> > >>> I've never ever built or test petsc4py under Cygwin. The errors you<br>
> > >>> see are expected.<br>
> > >>> Perhaps you can manually workaround the issues following the following<br>
> > >>> steps:<br>
> > >>><br>
> > >>> 1) Download the petsc4py tarball and unpack it.<br>
> > >>> 2) Open the file "src/libpetsc4py/libpetsc4py.h", add remove all<br>
> > >>> occurences of DL_IMPORT, i.e, replace DL_IMPORT(XYZ) for just XYZ<br>
> > >>> 3) Use pip again:<br>
> > >>><br>
> > >>> pip install petsc<br>
> > >>> pip install .<br>
> > >>><br>
> > >>> The last line assumes your current working directory is the one having<br>
> > >>> petsc4py's setup.py<br>
> > >>><br>
> > >>> Finally, I do not guarantee this will work. I'm just guessing,<br>
> > >>> petsc4py never explicitly supported Windows and/or Cygwin.<br>
> > >>><br>
> > >>><br>
> > >>> --<br>
> > >>> Lisandro Dalcin<br>
> > >>> ============<br>
> > >>> Research Scientist<br>
> > >>> Computer, Electrical and Mathematical Sciences & Engineering (CEMSE)<br>
> > >>> Numerical Porous Media Center (NumPor)<br>
> > >>> King Abdullah University of Science and Technology (KAUST)<br>
> > >>> <a href="http://numpor.kaust.edu.sa/" rel="noreferrer" target="_blank">http://numpor.kaust.edu.sa/</a><br>
> > >>><br>
> > >>> 4700 King Abdullah University of Science and Technology<br>
> > >>> al-Khawarizmi Bldg (Bldg 1), Office # 4332<br>
> > >>> Thuwal 23955-6900, Kingdom of Saudi Arabia<br>
> > >>> <a href="http://www.kaust.edu.sa" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.kaust.edu.sa</a><br>
> > >>><br>
> > >>> Office Phone: <a href="tel:%2B966%2012%20808-0459" value="+966128080459" target="_blank">+966 12 808-0459</a><br>
> > >>><br>
> > >><br>
> > >><br>
> > ><br>
> > ><br>
> > > --<br>
> > > What most experimenters take for granted before they begin their<br>
> > > experiments is infinitely more interesting than any results to which their<br>
> > > experiments lead.<br>
> > > -- Norbert Wiener<br>
> > ><br>
> ><br>
><br>
><br></div></div></blockquote></div></div></div></div>