<div dir="ltr"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8000001907349px">  It is not the coloring you need to generate, just the nonzero structure. (From that PETSc computes the coloring) so do as I suggest in my other email.</span></blockquote><div><br></div><div>Thanks, I'll try that out. </div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 5, 2015 at 2:36 PM, Barry Smith <span dir="ltr"><<a href="mailto:bsmith@mcs.anl.gov" target="_blank">bsmith@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class=""><br>
> On Jun 5, 2015, at 1:30 PM, Harshad Sahasrabudhe <<a href="mailto:hsahasra@purdue.edu">hsahasra@purdue.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi Matt,<br>
><br>
> Thanks for helping me out with this.<br>
><br>
> Ah, this is going to be somewhat harder. Unless PETSc know the connectivity of your Jacobian, which means the influence between<br>
> unknowns, it can only do one vector at a time<br>
><br>
> Yes, I'm discretizing the  equation on a FEM mesh, so I know the connectivity between different DOFs.<br>
><br>
> Do you have a simplified Jacobian matrix you could use for preconditioner construction?<br>
><br>
>  I have an approximate diagonal Jacobian matrix, which doesn't give good results.<br>
><br>
> It is trying to use get coloring for the Jacobian<br>
><br>
> Is there some documentation on coloring which I can read up so that I can generate the coloring for the Jacobian myself?<br>
<br>
</span>  It is not the coloring you need to generate, just the nonzero structure. (From that PETSc computes the coloring) so do as I suggest in my other email.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
   Barry<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Harshad<br>
><br>
> On Fri, Jun 5, 2015 at 1:59 PM, Matthew Knepley <<a href="mailto:knepley@gmail.com">knepley@gmail.com</a>> wrote:<br>
> On Fri, Jun 5, 2015 at 12:32 PM, Harshad Sahasrabudhe <<a href="mailto:hsahasra@purdue.edu">hsahasra@purdue.edu</a>> wrote:<br>
> Hi,<br>
><br>
> I'm solving a non-linear equation using NEWTONLS. The SNES is called from a wrapper in the LibMesh library. I'm trying to use the default FD Jacobian by not setting any Mat or callback function for the Jacobian.<br>
><br>
> When doing this I get the following error. I'm not able to figure out why I get this error. Can I get some pointers to what I might be doing wrong?<br>
><br>
> Ah, this is going to be somewhat harder. Unless PETSc know the connectivity of your Jacobian, which means the influence between<br>
> unknowns, it can only do one vector at a time:<br>
><br>
>   -snes_fd<br>
><br>
> which is really slow. It is trying to use get coloring for the Jacobian so that it can do many vectors<br>
> at once. Do you have a simplified Jacobian matrix you could use for preconditioner construction?<br>
> Then it could use that.<br>
><br>
>   Thanks,<br>
><br>
>      Matt<br>
><br>
> [0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Object is in wrong state!<br>
> [0]PETSC ERROR: Not for unassembled matrix!<br>
> [0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.4.3, Oct, 15, 2013<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.<br>
> [0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.<br>
> [0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: ./nemo on a linux named <a href="http://conte-fe02.rcac.purdue.edu" target="_blank">conte-fe02.rcac.purdue.edu</a> by hsahasra Fri Jun  5 13:25:27 2015<br>
> [0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/linux/lib<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure run at Fri Mar 20 15:18:25 2015<br>
> [0]PETSC ERROR: Configure options --with-x=0 --download-hdf5=1 --with-scalar-type=real --with-single-library=0 --with-shared-libraries=0 --with-clanguage=C++ --with-fortran=1 --with-cc=mpiicc --with-fc=mpiifort --with-cxx=mpiicpc COPTFLAGS=-O3 CXXOPTFLAGS=-O3 FOPTFLAGS=-O3 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --with-valgrind-dir=/apps/rhel6/valgrind/3.8.1/ --download-mumps=1 --with-fortran-kernels=0 --with-blas-lapack-dir=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl --download-superlu_dist=1 --with-blas-lapack-dir=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl --with-blacs-lib=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so --with-blacs-include=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/include --with-scalapack-lib="-L/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64" i --with-scalapack-include=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/include --with-pic=1 --with-debugging=1<br>
> [0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------<br>
> [0]PETSC ERROR: MatGetColoring() line 481 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/mat/color/color.c<br>
> [0]PETSC ERROR: SNESComputeJacobianDefaultColor() line 64 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snesj2.c<br>
> [0]PETSC ERROR: SNESComputeJacobian() line 2152 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snes.c<br>
> [0]PETSC ERROR: SNESSolve_NEWTONLS() line 218 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/impls/ls/ls.c<br>
> [0]PETSC ERROR: SNESSolve() line 3636 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snes.c<br>
> [0]PETSC ERROR: solve() line 538 in "unknowndirectory/"src/solvers/petsc_nonlinear_solver.C<br>
> application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 73) - process 0<br>
><br>
> Thanks,<br>
> Harshad<br>
><br>
><br>
><br>
> --<br>
> What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>
> -- Norbert Wiener<br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>