<div dir="ltr"><div>Hi Matt,</div><div><br></div><div>Thanks for helping me out with this.</div><div> </div><blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex" class="gmail_quote">Ah, this is going to be somewhat harder. Unless PETSc know the connectivity of your Jacobian, which means the influence between<br>unknowns, it can only do one vector at a time</blockquote><div> </div><div>Yes, I'm discretizing the  equation on a FEM mesh, so I know the connectivity between different DOFs.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8000001907349px">Do you have a simplified Jacobian matrix you could use for preconditioner construction?</span></blockquote><div><br></div><div> I have an approximate diagonal Jacobian matrix, which doesn't give good results.</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><span style="font-size:12.8000001907349px">It is trying to use get coloring for the Jacobian</span><br></blockquote><div><br></div><div>Is there some documentation on coloring which I can read up so that I can generate the coloring for the Jacobian myself?</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Harshad</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 5, 2015 at 1:59 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class="">On Fri, Jun 5, 2015 at 12:32 PM, Harshad Sahasrabudhe <span dir="ltr"><<a href="mailto:hsahasra@purdue.edu" target="_blank">hsahasra@purdue.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm solving a non-linear equation using NEWTONLS. The SNES is called from a wrapper in the LibMesh library. I'm trying to use the default FD Jacobian by not setting any Mat or callback function for the Jacobian.</div><div><br></div><div>When doing this I get the following error. I'm not able to figure out why I get this error. Can I get some pointers to what I might be doing wrong?</div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Ah, this is going to be somewhat harder. Unless PETSc know the connectivity of your Jacobian, which means the influence between</div><div>unknowns, it can only do one vector at a time:</div><div><br></div><div>  -snes_fd</div><div><br></div><div>which is really slow. It is trying to use get coloring for the Jacobian so that it can do many vectors</div><div>at once. Do you have a simplified Jacobian matrix you could use for preconditioner construction?</div><div>Then it could use that.</div><div><br></div><div>  Thanks,</div><div><br></div><div>     Matt</div><span class=""><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>[0]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Object is in wrong state!</div><div>[0]PETSC ERROR: Not for unassembled matrix!</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: Petsc Release Version 3.4.3, Oct, 15, 2013 </div><div>[0]PETSC ERROR: See docs/changes/index.html for recent updates.</div><div>[0]PETSC ERROR: See docs/faq.html for hints about trouble shooting.</div><div>[0]PETSC ERROR: See docs/index.html for manual pages.</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: ./nemo on a linux named <a href="http://conte-fe02.rcac.purdue.edu" target="_blank">conte-fe02.rcac.purdue.edu</a> by hsahasra Fri Jun  5 13:25:27 2015</div><div>[0]PETSC ERROR: Libraries linked from /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/linux/lib</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure run at Fri Mar 20 15:18:25 2015</div><div>[0]PETSC ERROR: Configure options --with-x=0 --download-hdf5=1 --with-scalar-type=real --with-single-library=0 --with-shared-libraries=0 --with-clanguage=C++ --with-fortran=1 --with-cc=mpiicc --with-fc=mpiifort --with-cxx=mpiicpc COPTFLAGS=-O3 CXXOPTFLAGS=-O3 FOPTFLAGS=-O3 --download-metis=1 --download-parmetis=1 --with-valgrind-dir=/apps/rhel6/valgrind/3.8.1/ --download-mumps=1 --with-fortran-kernels=0 --with-blas-lapack-dir=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl --download-superlu_dist=1 --with-blas-lapack-dir=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl --with-blacs-lib=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.so --with-blacs-include=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/include --with-scalapack-lib="-L/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64" i --with-scalapack-include=/apps/rhel6/intel/composer_xe_2013.3.163/mkl/include --with-pic=1 --with-debugging=1</div><div>[0]PETSC ERROR: ------------------------------------------------------------------------</div><div>[0]PETSC ERROR: MatGetColoring() line 481 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/mat/color/color.c</div><div>[0]PETSC ERROR: SNESComputeJacobianDefaultColor() line 64 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snesj2.c</div><div>[0]PETSC ERROR: SNESComputeJacobian() line 2152 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snes.c</div><div>[0]PETSC ERROR: SNESSolve_NEWTONLS() line 218 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/impls/ls/ls.c</div><div>[0]PETSC ERROR: SNESSolve() line 3636 in /home/hsahasra/NEMO5/libs/petsc/build-real/src/snes/interface/snes.c</div><div>[0]PETSC ERROR: solve() line 538 in "unknowndirectory/"src/solvers/petsc_nonlinear_solver.C</div><div>application called MPI_Abort(comm=0x84000000, 73) - process 0</div></div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Harshad</div></div>
</blockquote></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br></div>