<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">Thanks Matt!</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">It works now but there is issue of memory occur: </div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">PETSC ERROR: Caught signal number 11 SEGV: Segmentation Violation, probably memory access out of range</div><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: Try option -start_in_debugger or -on_error_attach_debugger</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: or see </span><a href="http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/troubleshooting.html#Signal[3]PETSC" style="font-family:verdana,sans-serif" target="_blank">http://www.mcs.anl.gov/petsc/petsc-as/documentation/troubleshooting.html#Signal[3]PETSC</a><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">ERROR: or try </span><a href="http://valgrind.org/" style="font-family:verdana,sans-serif" target="_blank">http://valgrind.org</a><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"> on linux or man libgmalloc on Apple to find memory corruption errors</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: likely location of problem given in stack below</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: ---------------------  Stack Frames ------------------------------</span><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">------</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: Note: The EXACT line numbers in the stack are not available,</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR:       INSTEAD the line number of the start of the function</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR:       is given.</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: --------------------- Error Message ------------------------------</span><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">------</span><br style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif"><span style="color:rgb(11,83,148);font-family:verdana,sans-serif">[3]PETSC ERROR: Signal received!</span><div><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">​I am planning to find where in the code the error occur by using valgrind. Could you please let me know how to do this? </div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">Here is the command I use to run the code:</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">/opt/openmpi/mpirun -np 10 ./fvom --casename=lake>info.dat</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">​</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">​Thanks,​</div><br></div><div><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div><font color="#0b5394" face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 2, 2015 at 1:30 PM, Matthew Knepley <span dir="ltr"><<a href="mailto:knepley@gmail.com" target="_blank">knepley@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Jun 2, 2015 at 12:17 PM, Tuan Nguyen <span dir="ltr"><<a href="mailto:tuan.vawr@gmail.com" target="_blank">tuan.vawr@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">Dear all,<br><br></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">I installed PETSC 3.1-p8 library. I am trying compile the fortran code link to Petsc but there is message saying about target file as follow:<br><br clear="all"></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148);display:inline"><i>​</i><i>​</i></div><i>petsc-3.1-p8-openmpi/conf/rules:120: *** target file `clean' has both : and :: entries.  Stop.</i><br><br><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">​In my "makefile" I added double-colon to target clean but it will bring me to another error message:<br><i>​</i></div><i>/home/petsc-3.1-p8-openmpi/conf/rules:299: warning: overriding commands for target `.c.o'<br>makefile:39: warning: ignoring old commands for target `.c.o'<br>/home/petsc-3.1-p8-openmpi/linux-gnu-c-debug/conf/petscrules:31: warning: overriding commands for target `.F.o'<br>makefile:42: warning: ignoring old commands for target `.F.o'<br>/home/petsc-3.1-p8-openmpi/linux-gnu-c-debug/conf/petscrules:31: warning: overriding commands for target `.F90.o'<br>makefile:47: warning: ignoring old commands for target `.F90.o'</i><br>/bin/rm -f *.o *.mod *.f90<br><br><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">​Could any one help me?<br></div></div></blockquote><div><br></div></div></div><div>In your makefile, you have rules for .c.o, etc. You either use the PETSc makefiles, which define these rules, or</div><div>use your own rules, in which case just use the conf/variables file which defines our make vars.</div><div><br></div><div>   Matt</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)"></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">Thanks,​<span><font color="#888888"><br><br></font></span></div><span><font color="#888888"><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small;color:rgb(11,83,148)">Tuan<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
</font></span></blockquote></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div>What most experimenters take for granted before they begin their experiments is infinitely more interesting than any results to which their experiments lead.<br>-- Norbert Wiener</div>
</font></span></div></div>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><br><font color="#999999">Tuan Nguyen</font></div><div><font color="#999999">Michigan State University</font></div><div><font color="#999999">East Lansing, MI. 48823<br></font><br></div></div></div>
</div></div>