<div dir="ltr">Thanks, Satish. Specifying <span style="font-size:12.8000001907349px">'--download-sowing-cc=icc --download-sowing-cxx=icpc', did the trick.</span><div><span style="font-size:12.8000001907349px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8000001907349px">-Gautam.</span><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 19, 2015 at 9:13 AM, Satish Balay <span dir="ltr"><<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov" target="_blank">balay@mcs.anl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">sowing defaults to using gcc/g++ [from env] for the builds.<br>
Looks like the default gcc in your path is broken.<br>
<br>
>>>>>>>><br>
configure:4100: gcc -E -traditional-cpp  conftest.c<br>
In file included from /usr/include/features.h:362,<br>
                 from /usr/include/assert.h:38,<br>
                 from conftest.c:12:<br>
/usr/include/sys/cdefs.h:32: error: #error "You need a ISO C conforming compiler to use the glibc headers"<br>
configure:4107: $? = 1<br>
<<<<<<<<<<<<br>
<br>
Do you have access to a different gcc - that doesn't give this error?<br>
<br>
Alternatively you can try '--download-sowing-cc=icc --download-sowing-cxx=icpc'<br>
and see if that works.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Satish<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Tue, 19 May 2015, Gautam Bisht wrote:<br>
<br>
> For both, master and v3.5.3+Satish's patch, I get the C preprocessor error<br>
> related to installation of sowing. Attached below are log files.<br>
><br>
> -Gautam.<br>
><br>
> PS: My previous emails bounced, so I'm re-trying to send log files as tar<br>
> file.<br>
><br>
><br>
> On Tue, May 19, 2015 at 8:14 AM, Gautam Bisht <<a href="mailto:gbisht@lbl.gov">gbisht@lbl.gov</a>> wrote:<br>
><br>
> > Please disregard the logfile in the last email. The correct ones are<br>
> > attached below.<br>
> ><br>
> > -Gautam.<br>
> ><br>
> > On Tue, May 19, 2015 at 8:12 AM, Gautam Bisht <<a href="mailto:gbisht@lbl.gov">gbisht@lbl.gov</a>> wrote:<br>
> ><br>
> >> For both, master and v3.5.3+Satish's patch, I get the C preprocessor<br>
> >> error related to installation of sowing. Attached below are log files.<br>
> >><br>
> >> -Gautam.<br>
> >><br>
> >> On Mon, May 18, 2015 at 12:33 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>> wrote:<br>
> >><br>
> >>> Can you try using petsc development branch 'master' and see if<br>
> >>> it works? It should also add in the c++ compiler to hdf5 configure..<br>
> >>><br>
> >>> Wrt petsc-3.5 - perhaps the attached patch will work..<br>
> >>><br>
> >>> Satish<br>
> >>><br>
> >>> On Mon, 18 May 2015, Gautam Bisht wrote:<br>
> >>><br>
> >>> > Attached below is the config.log for HDF5.<br>
> >>> ><br>
> >>> > -Gautam.<br>
> >>> ><br>
> >>> > On Mon, May 18, 2015 at 12:18 PM, Satish Balay <<a href="mailto:balay@mcs.anl.gov">balay@mcs.anl.gov</a>><br>
> >>> wrote:<br>
> >>> ><br>
> >>> > > On Mon, 18 May 2015, Matthew Knepley wrote:<br>
> >>> > ><br>
> >>> > > > On Mon, May 18, 2015 at 1:35 PM, Gautam Bisht <<a href="mailto:gbisht@lbl.gov">gbisht@lbl.gov</a>><br>
> >>> wrote:<br>
> >>> > > ><br>
> >>> > > > > Hi,<br>
> >>> > > > ><br>
> >>> > > > > While trying to install v3.5.3 with intel 15.0.0 on a linux<br>
> >>> machine,<br>
> >>> > > I'm<br>
> >>> > > > > getting an error related to C++ preprocessor. Any help to<br>
> >>> resolve the<br>
> >>> > > issue<br>
> >>> > > > > would be greatly appreciated.<br>
> >>> > > > ><br>
> >>> > > > > Attached below is the logfile.<br>
> >>> > > > ><br>
> >>> > > ><br>
> >>> > > > The HDF5 configure is failing because it says your preprocessor<br>
> >>> does not<br>
> >>> > > > work. We would need<br>
> >>> > > > to see<br>
> >>> > > ><br>
> >>> > > ><br>
> >>> > ><br>
> >>> /clusterfs/esd/esd2/gbisht/MODELS/petsc3.5.3/lrc-intel-2015-0-090-fort-debug/externalpackages/hdf5-1.8.10-patch1.1/config.log<br>
> >>> > ><br>
> >>> > > I think the issue is - hdf5 configure is looking for c++ compiler -<br>
> >>> > > but PETSc configure is not providing this info to hdf5 configure.<br>
> >>> > ><br>
> >>> > > Satish<br>
> >>> > ><br>
> >>> ><br>
> >>><br>
> >><br>
> >><br>
> ><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>